Analysis of chromatin boundary activity in Drosophila cells.
Analysis of chromatin boundary activity in Drosophila cells.
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DOI：
10.1186/1471-2199-9-109
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发表时间：
2008-12-11
影响因子：
--
通讯作者：
Cai HN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li M;Belozerov VE;Cai HN
染色质边界，也称为绝缘体，通过组织活性和抑制性染色质结构域来调节基因活性，并调节增强子-启动子相互作用。然而，人们对边界作用的机制知之甚少，部分原因是我们对绝缘体蛋白的了解有限，而且缺乏可以比较不同边界的标准测定方法。我们在此报告了用于研究果蝇培养细胞中绝缘体活性的增强子阻断测定的发展。我们表明，这些细胞支持多种果蝇绝缘子的活性，包括 suHw、SF1、SF1b、Fab7 和 Fab8。我们进一步表明，双链 RNA (dsRNA) 介导的 SuHw 和 dCTCF 因子的敲低分别破坏了 suHw 和 Fab8 的增强子阻断功能，从而确定了在我们的基于细胞的检测绝缘体功能的检测中使用 RNA 干扰的有效性。新颖的边界测定为分析绝缘体机制提供了一种定量且有效的方法，并且可以进一步用于绝缘体成分的全基因组RNAi筛选。它提供了一个有用的工具，补充了研究这类重要调控元件的转基因和遗传方法。
Chromatin boundaries, also known as insulators, regulate gene activity by organizing active and repressive chromatin domains and modulate enhancer-promoter interactions. However, the mechanisms of boundary action are poorly understood, in part due to our limited knowledge about insulator proteins, and a shortage of standard assays by which diverse boundaries could be compared. We report here the development of an enhancer-blocking assay for studying insulator activity in Drosophila cultured cells. We show that the activities of diverse Drosophila insulators including suHw, SF1, SF1b, Fab7 and Fab8 are supported in these cells. We further show that double stranded RNA (dsRNA)-mediated knockdown of SuHw and dCTCF factors disrupts the enhancer-blocking function of suHw and Fab8, respectively, thereby establishing the effectiveness of using RNA interference in our cell-based assay for probing insulator function. The novel boundary assay provides a quantitative and efficient method for analyzing insulator mechanism and can be further exploited in genome-wide RNAi screens for insulator components. It provides a useful tool that complements the transgenic and genetic approaches for studying this important class of regulatory elements.
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DOI：
10.1073/pnas.110149597
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Clemens, JC;Worby, CA;Dixon, JE
通讯作者：
Dixon, JE
影响因子：
64.5
作者：
CHUNG, JH;WHITELEY, M;FELSENFELD, G
通讯作者：
FELSENFELD, G
影响因子：
14.9
作者：
BUNCH, TA;GRINBLAT, Y;GOLDSTEIN, LSB
通讯作者：
GOLDSTEIN, LSB
影响因子：
64.8
作者：
Bell, AC;Felsenfeld, G
通讯作者：
Felsenfeld, G
影响因子：
10.5
作者：
Donze, D;Adams, CR;Kamakaka, RT
通讯作者：
Kamakaka, RT