Global mapping of RNA homodimers in living cells.
Global mapping of RNA homodimers in living cells.
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DOI：
10.1101/gr.275900.121
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发表时间：
2022-05
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Kudla, Grzegorz
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gabryelska, Marta M.;Badrock, Andrew P.;Lau, Jian You;O'Keefe, Raymond T.;Crow, Yanick J.;Kudla, Grzegorz
RNA同二聚化对各种生理过程都很重要，包括无膜细胞器的组装、RNA亚细胞定位和病毒基因组的包装。然而，由于缺乏系统的体内检测方法，对RNA二聚化的理解一直受到阻碍。在这里，我们展示了CLASH， PARIS和其他RNA接近连接方法检测RNA同源二聚体转录组范围内的“重叠”嵌合读取，包含多个相同序列的拷贝。通过分析已发表的近距离连接数据集，我们发现由直接碱基配对介导的RNA:RNA同型二聚体在人类转录组中很少见，但在特定转录本中高度富集，包括U8 snoRNA、U2 snRNA和trna的一个子集。U8 snoRNA同源二聚化结构域的突变在体外阻碍了二聚化，并在体内破坏了斑马鱼的发育，这表明该结构域具有进化上的保守作用。对病毒感染细胞的分析显示，SARS-CoV-2和寨卡病毒基因组的同源二聚化，是由位于SARS-CoV-2蛋白编码区N基因和寨卡病毒NS2A基因的特异性回文序列介导的。我们推测，参与同型二聚化的病毒基因组区域可能构成抗病毒治疗的有效靶点。
RNA homodimerization is important for various physiological processes, including the assembly of membraneless organelles, RNA subcellular localization, and packaging of viral genomes. However, understanding RNA dimerization has been hampered by the lack of systematic in vivo detection methods. Here, we show that CLASH, PARIS, and other RNA proximity ligation methods detect RNA homodimers transcriptome-wide as “overlapping” chimeric reads that contain more than one copy of the same sequence. Analyzing published proximity ligation data sets, we show that RNA:RNA homodimers mediated by direct base-pairing are rare across the human transcriptome, but highly enriched in specific transcripts, including U8 snoRNA, U2 snRNA, and a subset of tRNAs. Mutations in the homodimerization domain of U8 snoRNA impede dimerization in vitro and disrupt zebrafish development in vivo, suggesting an evolutionarily conserved role of this domain. Analysis of virus-infected cells reveals homodimerization of SARS-CoV-2 and Zika genomes, mediated by specific palindromic sequences located within protein-coding regions of N gene in SARS-CoV-2 and NS2A gene in Zika. We speculate that regions of viral genomes involved in homodimerization may constitute effective targets for antiviral therapies.
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影响因子：
56.9
作者：
Chworos, A;Severcan, I;Jaeger, L
通讯作者：
Jaeger, L
影响因子：
11.4
作者：
Ferrandon, D;Koch, I;NussleinVolhard, C
通讯作者：
NussleinVolhard, C
DOI：
10.1038/s41580-019-0136-0
发表时间：
2019-08
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Ganser LR;Kelly ML;Herschlag D;Al-Hashimi HM
通讯作者：
Al-Hashimi HM
RIC-seq 用于 RNA–RNA 空间相互作用的全局原位分析
影响因子：
64.8
作者：
Cai, Zhaokui;Cao, Changchang;Xue, Yuanchao
通讯作者：
Xue, Yuanchao
影响因子：
56.9
作者：
Geary, Cody;Rothemund, Paul W. K.;Andersen, Ebbe S.
通讯作者：
Andersen, Ebbe S.