Two evolutionary histories in the genome of rice: the roles of domestication genes.
Two evolutionary histories in the genome of rice: the roles of domestication genes.
复制标题
水稻基因组的两条进化史：驯化基因的作用
DOI：
10.1371/journal.pgen.1002100
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发表时间：
2011-06
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
Shi S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He Z;Zhai W;Wen H;Tang T;Wang Y;Lu X;Greenberg AJ;Hudson RR;Wu CI;Shi S
由于基因流动和选择的共同影响，不同基因组区域的系谱模式可能不同。栽培稻两个亚种的存在为分析驯化过程中的这些影响提供了一个独特的机会。我们从这三个类群中选择了66份材料（籼稻、籼稻、籼稻各22份），sativa japonica和O. rufipogon）进行全基因组测序。在寻找选择的签名，我们专注于低多样性区域（LDR）共享的两个品种。我们发现，这些重叠LDR的系谱历史是不同的基因组背景。虽然籼稻和粳稻的基因组通常似乎是独立的起源，许多重叠的LDRs可能只起源一次，作为选择和随后的渐渗的结果。有趣的是，许多这样的LDRs只包含一个水稻驯化的候选基因，并且几个已知的驯化基因确实被这种方法“重新发现”。总之，我们确定了13个额外的驯化候选基因。
Genealogical patterns in different genomic regions may be different due to the joint influence of gene flow and selection. The existence of two subspecies of cultivated rice provides a unique opportunity for analyzing these effects during domestication. We chose 66 accessions from the three rice taxa (about 22 each from Oryza sativa indica, O. sativa japonica, and O. rufipogon) for whole-genome sequencing. In the search for the signature of selection, we focus on low diversity regions (LDRs) shared by both cultivars. We found that the genealogical histories of these overlapping LDRs are distinct from the genomic background. While indica and japonica genomes generally appear to be of independent origin, many overlapping LDRs may have originated only once, as a result of selection and subsequent introgression. Interestingly, many such LDRs contain only one candidate gene of rice domestication, and several known domestication genes have indeed been “rediscovered” by this approach. In summary, we identified 13 additional candidate genes of domestication.
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