A database for risk assessment and comparative genomic analysis of foodborne Vibrio parahaemolyticus in China.
A database for risk assessment and comparative genomic analysis of foodborne Vibrio parahaemolyticus in China.
复制标题
中国食源性副溶血性弧菌风险评估和比较基因组分析数据库
DOI：
10.1038/s41597-020-00671-3
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发表时间：
2020-10-02
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Wu Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pang R;Li Y;Chen M;Zeng H;Lei T;Zhang J;Ding Y;Wang J;Wu S;Ye Q;Zhang J;Wu Q
副溶血性弧菌是世界范围内主要的食源性致病菌。随着中国副溶血性弧菌感染病例的增加，迫切需要对该致病菌的流行程度和遗传多样性进行评估。本文基于对2011 - 2016年中国不同食品样品中副溶血性弧菌污染情况的调查，介绍了国内首个关于食源性副溶血性弧菌分布和基因组数据的科学数据库——食源性副溶血性弧菌基因组数据库（FVPGD）。该数据集包括2499个食品样品和643个V的记录。分布在中国39个城市的超市和市场的副溶血性细菌菌株；268个全基因组序列已存入该数据库。提供了不同食品类型中副溶血性弧菌污染风险情况的空间视图。此外，该数据库还提供了序列BLAST、核心基因组多位点序列分型和系统发育分析的功能界面。该数据库将成为中国食源性致病菌风险评估和疫情调查的有力工具。描述报告数据的机器可访问元数据文件：10.6084/m9.figshare.12629891
Vibrio parahaemolyticus is a major foodborne pathogen worldwide. The increasing number of cases of V. parahaemolyticus infections in China indicates an urgent need to evaluate the prevalence and genetic diversity of this pathogenic bacterium. In this paper, we introduce the Foodborne Vibrio parahaemolyticus genome database (FVPGD), the first scientific database of foodborne V. parahaemolyticus distribution and genomic data in China, based on our previous investigations of V. parahaemolyticus contamination in different kinds of food samples across China from 2011 to 2016. The dataset includes records of 2,499 food samples and 643 V. parahaemolyticus strains from supermarkets and marketplaces distributed over 39 cities in China; 268 whole-genome sequences have been deposited in this database. A spatial view on the risk situations of V. parahaemolyticus contamination in different food types is provided. Additionally, the database provides a functional interface of sequence BLAST, core genome multilocus sequence typing, and phylogenetic analysis. The database will become a powerful tool for risk assessment and outbreak investigations of foodborne pathogens in China. Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.12629891
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