Single molecule sequencing-guided scaffolding and correction of draft assemblies.
Single molecule sequencing-guided scaffolding and correction of draft assemblies.
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DOI：
10.1186/s12864-017-4271-8
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发表时间：
2017-12-06
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Emrich SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu S;Chen DZ;Emrich SJ
虽然单分子测序仍在改进，但所产生序列的长度在基因组组装中不可避免地是一个优势。利用长读段进行基因组组装的现有工作主要集中在纠正测序错误和改善从头组装的邻接性。我们提出了一种拆解-重组的方法，用于纠正草案组装中的结构错误和基于错误纠正的单分子序列构建目标组装。为了实现这一目标，我们制定了最大交替路径覆盖问题。我们证明了该问题是NP-困难的，并用2-近似算法求解。我们的实验结果表明，我们的方法可以提高目标组件的结构正确性的成本的一些邻接，即使有少量的长读段。此外，我们的重组过程也可以作为一个有竞争力的脚手架相对于完善的组装基准。
Although single molecule sequencing is still improving, the lengths of the generated sequences are inevitably an advantage in genome assembly. Prior work that utilizes long reads to conduct genome assembly has mostly focused on correcting sequencing errors and improving contiguity of de novo assemblies. We propose a disassembling-reassembling approach for both correcting structural errors in the draft assembly and scaffolding a target assembly based on error-corrected single molecule sequences. To achieve this goal, we formulate a maximum alternating path cover problem. We prove that this problem is NP-hard, and solve it by a 2-approximation algorithm. Our experimental results show that our approach can improve the structural correctness of target assemblies in the cost of some contiguity, even with smaller amounts of long reads. In addition, our reassembling process can also serve as a competitive scaffolder relative to well-established assembly benchmarks.
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影响因子：
5.8
作者：
Ralser M;Kuhl H;Ralser M;Werber M;Lehrach H;Breitenbach M;Timmermann B
通讯作者：
Timmermann B
影响因子：
12.3
作者：
Phillippy AM;Schatz MC;Pop M
通讯作者：
Pop M
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq366
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nijkamp J;Winterbach W;van den Broek M;Daran JM;Reinders M;de Ridder D
通讯作者：
de Ridder D
影响因子：
3
作者：
Lam, Ka-Kit;Hall, Richard;Rao, Satish
通讯作者：
Rao, Satish
影响因子：
56.9
作者：
Schnable, Patrick S.;Ware, Doreen;Wilson, Richard K.
通讯作者：
Wilson, Richard K.