Comparative Mapping of the Macrochromosomes of Eight Avian Species Provides Further Insight into Their Phylogenetic Relationships and Avian Karyotype Evolution.
Comparative Mapping of the Macrochromosomes of Eight Avian Species Provides Further Insight into Their Phylogenetic Relationships and Avian Karyotype Evolution.
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DOI：
10.3390/cells10020362
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发表时间：
2021-02-09
期刊：
影响因子：
6
通讯作者：
Griffin DK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kiazim LG;O'Connor RE;Larkin DM;Romanov MN;Narushin VG;Brazhnik EA;Griffin DK
鸟类基因组通常由约10对大染色体和约30对小染色体组成。虽然在染色体间，在整个进化过程中出现的变化很少（有明显的例外），但染色体内的变化仍然相对较少研究。为了纠正这一点，在这里，我们使用了一个泛鸟类普遍杂交的一套74鸡细菌人工染色体（BAC）探针的8种鸟类的大染色体：常见的乌鸫，大西洋金丝雀，欧亚山鸡，盔珍珠鸡，houbara鸨，绿头鸭，和岩鸽。结合分子细胞遗传学，生物信息学和数学分析允许比较细胞遗传学图谱的建设，重建一个假定的Neognathae祖先，并在研究neognath谱系染色体重排模式和系统发育关系的评估。我们观察到，与我们以前的研究一样，鸡似乎具有与祖先最相似的核型;然而，以前关于雀形目（鸣禽）染色体内变化率增加的报道似乎不是我们数据集中的情况。这种通用杂交探针组的使用不仅适用于鸟类核型进化的重新追踪，而且可能用于重建基因组组装。
Avian genomes typically consist of ~10 pairs of macro- and ~30 pairs of microchromosomes. While inter-chromosomally, a pattern emerges of very little change (with notable exceptions) throughout evolution, intrachromosomal changes remain relatively poorly studied. To rectify this, here we use a pan-avian universally hybridising set of 74 chicken bacterial artificial chromosome (BAC) probes on the macrochromosomes of eight bird species: common blackbird, Atlantic canary, Eurasian woodcock, helmeted guinea fowl, houbara bustard, mallard duck, and rock dove. A combination of molecular cytogenetic, bioinformatics, and mathematical analyses allowed the building of comparative cytogenetic maps, reconstruction of a putative Neognathae ancestor, and assessment of chromosome rearrangement patterns and phylogenetic relationships in the studied neognath lineages. We observe that, as with our previous studies, chicken appears to have the karyotype most similar to the ancestor; however, previous reports of an increased rate of intrachromosomal change in Passeriformes (songbirds) appear not to be the case in our dataset. The use of this universally hybridizing probe set is applicable not only for the re-tracing of avian karyotype evolution but, potentially, for reconstructing genome assemblies.
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