BRENDA in 2017: new perspectives and new tools in BRENDA.
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DOI：
10.1093/nar/gkw952
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schomburg D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Placzek S;Schomburg I;Chang A;Jeske L;Ulbrich M;Tillack J;Schomburg D
布伦达酶数据库(www.brenda-enzymes.org)在其存在30年中已发展成为主要的酶和酶-配体信息系统。这些信息是从原始文献中手动提取的，并通过文本挖掘程序、外部数据的整合和预测算法进行扩展。来自83000个酶的大约300万个数据和137000个文献参考文献构成了手动注释的核心。文本挖掘程序使用有关发生情况、酶-疾病关系和动力学数据的信息来扩展这些数据。预测算法提供了位置和基因组注释。外部数据和链接使用序列和3D结构来补充数据。总共有206 000个酶配体提供了功能和结构数据。布伦达提供了一个复杂的查询工具引擎，允许用户通过不同的搜索方法和资源管理器高效地访问数据。布伦达条目页面和酵素摘要页面的新设计提高了用户访问和性能。新的互动和直观的布伦达途径地图提供了关于生化过程的概述，并促进了生化背景下酶、配体和生物体信息的可视化。包括蛋白质结构分类的数据库SCOPE和CATH。新的在线和视频教程为用户提供在线培训。布伦达对学术用户是免费的。
The BRENDA enzyme database (www.brenda-enzymes.org) has developed into the main enzyme and enzyme-ligand information system in its 30 years of existence. The information is manually extracted from primary literature and extended by text mining procedures, integration of external data and prediction algorithms. Approximately 3 million data from 83 000 enzymes and 137 000 literature references constitute the manually annotated core. Text mining procedures extend these data with information on occurrence, enzyme-disease relationships and kinetic data. Prediction algorithms contribute locations and genome annotations. External data and links complete the data with sequences and 3D structures. A total of 206 000 enzyme ligands provide functional and structural data. BRENDA offers a complex query tool engine allowing the users an efficient access to the data via different search methods and explorers. The new design of the BRENDA entry page and the enzyme summary pages improves the user access and the performance. New interactive and intuitive BRENDA pathway maps give an overview on biochemical processes and facilitate the visualization of enzyme, ligand and organism information in the biochemical context. SCOPe and CATH, databases for protein structure classification, are included. New online and video tutorials provide online training for the users. BRENDA is freely available for academic users.
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