First case of within-host co-infection of different SARS-CoV-2 variants in Ecuador.
First case of within-host co-infection of different SARS-CoV-2 variants in Ecuador.
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DOI：
10.1016/j.nmni.2022.101001
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发表时间：
2022-07
影响因子：
4
通讯作者：
Cardenas, P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fernandez-Cadena, J. C.;Carvajal, M.;Munoz, E.;Prado-Vivar, B.;Marquez, S.;Proano, S.;Bayas, R.;Guadalupe, J. J.;Becerra-Wong, M.;Gutierrez, B.;Morey-Leon, G.;Trueba, G.;Grunauer, M.;Barragan, V.;Rojas-Silva, P.;Andrade-Molina, D.;Cardenas, P.
由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的 COVID-19 感染可导致轻微症状到严重疾病甚至死亡。 SARS-CoV-2 与其他呼吸道病毒的联合感染已有报道。然而，两种 SARS-CoV-2 谱系同时感染的情况很少见报道。进行了基因分型分析和两种不同类型的全基因组测序（Illumina MiniSeq 和 ONT MinION）。当检查 NextClade 和 Pangolin 网络服务器中的系统发育分析并考虑基因分型结果时，得到了相互矛盾的结果。对测序的原始数据进行了分析，并在病毒基因组的不同读数之间鉴定了核苷酸变异。 B.1 和 P.1 谱系在同一样本中得到鉴定。我们得出的结论是，这是一起两个 SARS-CoV-2 谱系的混合感染病例，第一例是在厄瓜多尔报告的。
COVID-19 infection caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can cause mild symptoms to severe illness and death. Co-infections of SARS-CoV-2 with other respiratory viruses have been described. However, two SARS-CoV-2 lineage co-infection have been rarely reported. A genotyping analysis and two different types of whole genome sequencing were performed (Illumina MiniSeq and ONT MinION). When examining the phylogenetic analysis in NextClade and Pangolin webservers, and considering the genotyping findings, conflicting results were obtained. The raw data of the sequencing was analyzed, and nucleotide variants were identified between different reads of the virus genome. B.1 and P.1 lineages were identified within the same sample. We concluded that this is a co-infection case with two SARS-CoV-2 lineages, the first one reported in Ecuador.
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影响因子：
9.5
作者：
Milne, Iain;Stephen, Gordon;Marshall, David
通讯作者：
Marshall, David
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu531
发表时间：
2014-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Larsson A
通讯作者：
Larsson A
使用PANGOLIN工具在新兴大流行中分配流行病学谱系。
影响因子：
5.3
作者：
O'Toole Á;Scher E;Underwood A;Jackson B;Hill V;McCrone JT;Colquhoun R;Ruis C;Abu-Dahab K;Taylor B;Yeats C;du Plessis L;Maloney D;Medd N;Attwood SW;Aanensen DM;Holmes EC;Pybus OG;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A
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5.8
作者：
Hadfield, James;Megill, Colin;Neher, Richard A.
通讯作者：
Neher, Richard A.
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4.5
作者：
Pedro N;Silva CN;Magalhães AC;Cavadas B;Rocha AM;Moreira AC;Gomes MS;Silva D;Sobrinho-Simões J;Ramos A;Cardoso MJ;Filipe R;Palma P;Ceia F;Silva S;Guimarães JT;Sarmento A;Fernandes V;Pereira L;Tavares M
通讯作者：
Tavares M