MEGARes and AMR++, v3.0: an updated comprehensive database of antimicrobial resistance determinants and an improved software pipeline for classification using high-throughput sequencing.
MEGARes and AMR++, v3.0: an updated comprehensive database of antimicrobial resistance determinants and an improved software pipeline for classification using high-throughput sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkac1047
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Boucher, Christina
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonin, Nathalie;Doster, Enrique;Worley, Hannah;Pinnell, Lee J.;Bravo, Jonathan E.;Ferm, Peter;Marini, Simone;Prosperi, Mattia;Noyes, Noelle;Morley, Paul S.;Boucher, Christina
抗菌素耐药性（AMR）被认为是对公共卫生的严重威胁，以高通量序列数据分析为特征的基因组/宏基因组研究日益普遍和重要。我们之前介绍了MEGARes，这是一个综合的AMR数据库，具有无环分层注释结构，有利于高通量计算分析，以及amr++，一个定制的生物信息学管道，专门设计用于使用MEGARes进行高通量分析，以表征宏基因组序列数据中的AMR基因（ARGs）。在此，我们推出了MEGARes v3.0，一个针对抗菌药物、杀菌剂和金属的ARG序列的综合数据库，以及amr++ v3.0，这是我们定制的生物信息学管道的更新，用于高通量分析宏基因组数据（可在MEGLab.org上获得）。数据库注释已经扩展到包括关于单核苷酸多态性（snp）和特定ARGs要求的插入和/或缺失（indels）的特定基因组位置的信息，并且更新的amr++管道使用这些信息来检查元基因组测序reads中是否存在赋予抗性的遗传变异。这一新信息包括337种ARGs，这些ARGs的耐药变异以前无法以这种方式得到确认。在MEGARes 3.0中，无环层次本体的节点包括4种抗菌化合物类型、59个耐药类别、233种机制和1448个基因群，对8733个条目进行了分类。
Antimicrobial resistance (AMR) is considered a critical threat to public health, and genomic/metagenomic investigations featuring high-throughput analysis of sequence data are increasingly common and important. We previously introduced MEGARes, a comprehensive AMR database with an acyclic hierarchical annotation structure that facilitates high-throughput computational analysis, as well as AMR++, a customized bioinformatic pipeline specifically designed to use MEGARes in high-throughput analysis for characterizing AMR genes (ARGs) in metagenomic sequence data. Here, we present MEGARes v3.0, a comprehensive database of published ARG sequences for antimicrobial drugs, biocides, and metals, and AMR++ v3.0, an update to our customized bioinformatic pipeline for high-throughput analysis of metagenomic data (available at MEGLab.org). Database annotations have been expanded to include information regarding specific genomic locations for single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions and/or deletions (indels) when required by specific ARGs for resistance expression, and the updated AMR++ pipeline uses this information to check for presence of resistance-conferring genetic variants in metagenomic sequenced reads. This new information encompasses 337 ARGs, whose resistance-conferring variants could not previously be confirmed in such a manner. In MEGARes 3.0, the nodes of the acyclic hierarchical ontology include 4 antimicrobial compound types, 59 resistance classes, 233 mechanisms and 1448 gene groups that classify the 8733 accessions.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
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--
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通讯作者：
--