Basonuclin regulates a subset of ribosomal RNA genes in HaCaT cells.
Basonuclin regulates a subset of ribosomal RNA genes in HaCaT cells.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0000902
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发表时间：
2007-09-19
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Tseng H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang S;Wang J;Tseng H
Basonuclin (Bnc1) 是一种细胞类型特异性核糖体 RNA (rRNA) 基因调节因子，主要在复层上皮的角质形成细胞以及睾丸和卵巢的配子发生细胞中表达。此前，basonuclin 在体外被证明与 rRNA 基因 (rDNA) 启动子在三个高度保守的位点相互作用。 Basonuclin 的高亲和力结合位点与专用且普遍存在的 Pol I 转录调节因子 UBF 的结合位点重叠，表明如果它们与相同的启动子结合，它们的结合可能会相互干扰。敲低小鼠卵母细胞中的 basonuclin 消除了大约四分之一的 RNA 聚合酶 I (Pol I) 转录灶，而不影响其余转录灶的 BrU 掺入，这表明 basonuclin 可能调节 rDNA 的一个子集。在这里，我们通过染色质免疫沉淀 (ChIP) 表明，Basonuclin 与 HaCaT 细胞（一种自发建立的人类角质形成细胞系）中的 rDNA 启动子相关。免疫沉淀数据表明，basonuclin 处于复合物中，该复合物还包含 Pol I 亚基（RPA194、RPA116），但不包含 UBF。敲低 HaCaT 细胞中的 basonuclin 会部分损害 RPA194 与 rDNA 启动子的关联，但不会损害 UBF 的关联。基底核蛋白缺乏也会减少 47S pre-rRNA 的量，但这种效应只有在细胞增殖相关的 rRNA 合成在较高的细胞密度下减弱后才能看到。与 basonuclin 结合的 rDNA 启动子的 DNA 序列显示出与与 UBF 结合的启动子相关的单核苷酸多态性 (SNP) 不同，表明 basonuclin 和 UBF 与启动子的不同子集相互作用。总之，我们的结果证明了 basonuclin 与 rDNA 启动子的功能关联及其与体内 Pol I 的相互作用。我们的数据还表明 basonuclin-Pol I 复合物转录 rDNA 的一个子集。
Basonuclin (Bnc1), a cell-type-specific ribosomal RNA (rRNA) gene regulator, is expressed mainly in keratinocytes of stratified epithelium and gametogenic cells of testis and ovary. Previously, basonuclin was shown in vitro to interact with rRNA gene (rDNA) promoter at three highly conserved sites. Basonuclin's high affinity binding site overlaps with the binding site of a dedicated and ubiquitous Pol I transcription regulator, UBF, suggesting that their binding might interfere with each other if they bind to the same promoter. Knocking-down basonuclin in mouse oocytes eliminated approximately one quarter of RNA polymerase I (Pol I) transcription foci, without affecting the BrU incorporation of the remaining ones, suggesting that basonuclin might regulate a subset of rDNA. Here we show, via chromatin immunoprecipitation (ChIP), that basonuclin is associated with rDNA promoters in HaCaT cells, a spontaneously established human keratinocyte line. Immunoprecipitation data suggest that basonuclin is in a complex that also contains the subunits of Pol I (RPA194, RPA116), but not UBF. Knocking-down basonuclin in HaCaT cells partially impairs the association of RPA194 to rDNA promoter, but not that of UBF. Basonuclin-deficiency also reduces the amount of 47S pre-rRNA, but this effect can be seen only after cell-proliferation related rRNA synthesis has subsided at a higher cell density. DNA sequence of basonuclin-bound rDNA promoters shows single nucleotide polymorphisms (SNPs) that differ from those associated with UBF-bound promoters, suggesting that basonuclin and UBF interact with different subsets of promoters. In conclusion, our results demonstrate basonuclin's functional association with rDNA promoters and its interaction with Pol I in vivo. Our data also suggest that basonuclin-Pol I complex transcribes a subset of rDNA.
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影响因子：
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作者：
Hannan, KM;Kennedy, BK;Rothblum, LI
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Rothblum, LI
DOI：
10.1073/pnas.96.17.9628
发表时间：
1999-08-17
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Iuchi, S;Green, H
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Green, H
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