Estimating the basic reproduction rate of HFMD using the time series SIR model in Guangdong, China.
Estimating the basic reproduction rate of HFMD using the time series SIR model in Guangdong, China.
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利用时间序列SIR模型估算中国广东省手足口病的基本繁殖率
DOI：
10.1371/journal.pone.0179623
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hao Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Du Z;Zhang W;Zhang D;Yu S;Hao Y
手足口病（HFMD）在中国，特别是在广东省造成了巨大的疾病负担。以广东省法定报告病例为基础，运用时间序列的易感-感染-传播模型，估计基本再生产率（R 0）和群体免疫阈值，更全面地了解广东省手足口病的传播和持续性，为有效干预提供依据。手足口病报告时间序列与拟合时间序列的标准差为0.009（<0.2）。广东省肠道病毒71型、柯萨奇病毒16型的基础增殖率中位数分别为4.621（IQR：3.907-5.823）、3.023（IQR：2.289-4.292）和7.767（IQR：6.903-10.353）。R 0的热图显示了半年一次的活动高峰，包括春季和初夏（大约第12周）的一个主要高峰，以及秋季（大约第36周）的一个较小的高峰。县级模型显示，龙川县（R 0 = 33）、高州县（R 0 = 24）、化州县（R 0 = 23）和清新县（R 0 = 19）的基本再生产率高于全省其他县。广东省手足口病疫情形势依然严峻，需要落实世界卫生组织扩大免疫规划等策略。在广东消灭手足口病可能需要78%的群体免疫阈值。
Hand, foot, and mouth disease (HFMD) has caused a substantial burden of disease in China, especially in Guangdong Province. Based on notifiable cases, we use the time series Susceptible-Infected-Recovered model to estimate the basic reproduction rate (R0) and the herd immunity threshold, understanding the transmission and persistence of HFMD more completely for efficient intervention in this province. The standardized difference between the reported and fitted time series of HFMD was 0.009 (<0.2). The median basic reproduction rate of total, enterovirus 71, and coxsackievirus 16 cases in Guangdong were 4.621 (IQR: 3.907–5.823), 3.023 (IQR: 2.289–4.292) and 7.767 (IQR: 6.903–10.353), respectively. The heatmap of R0 showed semiannual peaks of activity, including a major peak in spring and early summer (about the 12th week) followed by a smaller peak in autumn (about the 36th week). The county-level model showed that Longchuan (R0 = 33), Gaozhou (R0 = 24), Huazhou (R0 = 23) and Qingxin (R0 = 19) counties have higher basic reproduction rate than other counties in the province. The epidemic of HFMD in Guangdong Province is still grim, and strategies like the World Health Organization’s expanded program on immunization need to be implemented. An elimination of HFMD in Guangdong might need a Herd Immunity Threshold of 78%.
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