Co-expression and Transcriptome Analysis of Marchantia polymorpha Transcription Factors Supports Class C ARFs as Independent Actors of an Ancient Auxin Regulatory Module.
Co-expression and Transcriptome Analysis of Marchantia polymorpha Transcription Factors Supports Class C ARFs as Independent Actors of an Ancient Auxin Regulatory Module.
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DOI：
10.3389/fpls.2018.01345
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发表时间：
2018
影响因子：
5.6
通讯作者：
Bowman JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flores-Sandoval E;Romani F;Bowman JL
我们对M. polymorpha在生命周期的多个发育阶段中编码激素信号通路成分的基因和约400个注释转录因子（TFs）进行了差异基因表达（DGE）和共表达分析。我们确定了一个推测的生长素相关的共表达模块，它与生长素处理组织中诱导的转录物有显著的重叠。与系统发育和功能研究一致，C类ARF， MpARF3，不是生长素相关共表达模块的一部分，而是与产生配子的配子管细胞中富集的转录本相关。我们在共表达的背景下分析了mpparf3和MpmiR160突变体的转录组，表明Mparf3可能通过激活MpMIR11671和MpMIR529c前体来拮抗生殖过渡，这些前体编码的microrna靶向MpSPL1和MpSPL2的squamsa - promoter BINDING PROTEIN-LIKE （SPL）转录本。两个MpSPL基因都是MpARF3共表达组的一部分，证实了它们的功能意义。我们提供了MpARF3独立于生长素信号模块的证据，并就生长素相关基因在肝植物分生组织和分化事件中的作用提供了新的可验证的假设。
We performed differential gene expression (DGE) and co-expression analyses with genes encoding components of hormonal signaling pathways and the ∼400 annotated transcription factors (TFs) of M. polymorpha across multiple developmental stages of the life cycle. We identify a putative auxin-related co-expression module that has significant overlap with transcripts induced in auxin-treated tissues. Consistent with phylogenetic and functional studies, the class C ARF, MpARF3, is not part of the auxin-related co-expression module and instead is associated with transcripts enriched in gamete-producing gametangiophores. We analyze the Mparf3 and MpmiR160 mutant transcriptomes in the context of coexpression to suggest that MpARF3 may antagonize the reproductive transition via activating the MpMIR11671 and MpMIR529c precursors whose encoded microRNAs target SQUAMOSA-PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE (SPL) transcripts of MpSPL1 and MpSPL2. Both MpSPL genes are part of the MpARF3 co-expression group corroborating their functional significance. We provide evidence of the independence of MpARF3 from the auxin-signaling module and provide new testable hypotheses on the role of auxin-related genes in patterning meristems and differentiation events in liverworts.
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影响因子：
14.9
作者：
Babicki S;Arndt D;Marcu A;Liang Y;Grant JR;Maciejewski A;Wishart DS
通讯作者：
Wishart DS
DOI：
10.1111/nph.13220
发表时间：
2015-04
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
Alaba S;Piszczalka P;Pietrykowska H;Pacak AM;Sierocka I;Nuc PW;Singh K;Plewka P;Sulkowska A;Jarmolowski A;Karlowski WM;Szweykowska-Kulinska Z
通讯作者：
Szweykowska-Kulinska Z
影响因子：
18
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.2
作者：
Eshed, Y;Baum, SF;Bowman, JL
通讯作者：
Bowman, JL
影响因子：
9.4
作者：
Flores-Sandoval, Eduardo;Eklund, D. Magnus;Bowman, John L.
通讯作者：
Bowman, John L.