minoTour, real-time monitoring and analysis for nanopore sequencers.
minoTour, real-time monitoring and analysis for nanopore sequencers.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab780
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发表时间：
2022-01-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Loose M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Munro R;Santos R;Payne A;Forey T;Osei S;Holmes N;Loose M
minoTour为牛津纳米孔技术测序仪提供了实验室信息管理系统（LIMS）系统，具有实时指标和分析，可永久用于审查。集成独特的实时自动化分析可以减少回答生物学问题所需的时间，包括在运行过程中绘制序列和分类。实时序列数据需要新的分析方法，而不是等待运行完成，minoTour提供了一个框架，允许用户利用这些功能。源代码和文档可从https://github.com/LooseLab/minotourcli和https://github.com/LooseLab/minotourapp获得。Docker镜像可以从https://hub.docker.com/r/adoni5/获得，也可以在https://github.com/LooseLab/minotour-docker上使用预配置的Docker -compose脚本进行安装。一个示例服务器可从http://137.44.59.170获得。补充数据可在生物信息学网站获得。
minoTour offers a Laboratory Informations Management System (LIMS) system for Oxford Nanopore Technology sequencers, with real-time metrics and analysis available permanently for review. Integration of unique real-time automated analysis can reduce the time required to answer biological questions, including mapping and classification of sequence while a run is in progress. Real-time sequence data require new methods of analysis which do not wait for the completion of a run and minoTour provides a framework to allow users to exploit these features. Source code and documentation are available at https://github.com/LooseLab/minotourcli and https://github.com/LooseLab/minotourapp. Docker images are available from https://hub.docker.com/r/adoni5/, and can be installed using a preconfigured docker-compose script at https://github.com/LooseLab/minotour-docker. An example server is available at http://137.44.59.170. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
4.6
作者：
Castro-Wallace SL;Chiu CY;John KK;Stahl SE;Rubins KH;McIntyre ABR;Dworkin JP;Lupisella ML;Smith DJ;Botkin DJ;Stephenson TA;Juul S;Turner DJ;Izquierdo F;Federman S;Stryke D;Somasekar S;Alexander N;Yu G;Mason CE;Burton AS
通讯作者：
Burton AS
影响因子：
3
作者：
Bruno A;Aury JM;Engelen S
通讯作者：
Engelen S
影响因子：
7
作者：
Kim D;Song L;Breitwieser FP;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty149
发表时间：
2018-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
De Coster W;D'Hert S;Schultz DT;Cruts M;Van Broeckhoven C
通讯作者：
Van Broeckhoven C
影响因子：
46.9
作者：
Payne A;Holmes N;Clarke T;Munro R;Debebe BJ;Loose M
通讯作者：
Loose M