Progress and Challenges in Ocean Metaproteomics and Proposed Best Practices for Data Sharing.
Progress and Challenges in Ocean Metaproteomics and Proposed Best Practices for Data Sharing.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.8b00761
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发表时间：
2019-04-05
影响因子：
4.4
通讯作者：
Walsh DA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saito MA;Bertrand EM;Duffy ME;Gaylord DA;Held NA;Hervey WJ 4th;Hettich RL;Jagtap PD;Janech MG;Kinkade DB;Leary DH;McIlvin MR;Moore EK;Morris RM;Neely BA;Nunn BL;Saunders JK;Shepherd AI;Symmonds NI;Walsh DA
海洋代谢蛋白质组学是一个新兴领域，能够发现海洋微生物群落及其对全球生物地球化学过程的影响。最近的海洋代谢蛋白质组学研究为海洋生态系统中微生物营养物质的运输、固碳的模拟、微生物生物膜的新陈代谢和碳通量的动态提供了洞察力。未来的方法学发展可以提供新的能力，如表征长期生态系统变化、生物地球化学反应速率和现场化学计量。然而，由于产生高度复杂的质谱图的巨大生物多样性，以及获取和处理环境样本的困难，海洋代谢蛋白质组学仍然面临挑战。该综述总结了海洋偏蛋白质组科学家面临的进展和挑战，并提出了海洋偏蛋白质组数据集数据共享的最佳做法，包括促进全球海洋偏蛋白质组能力的蛋白质分布和注释的相互比较所需的数据类型和元数据。
Ocean metaproteomics is an emerging field enabling discoveries about marine microbial communities and their impact on global biogeochemical processes. Recent ocean metaproteomic studies have provided insight into microbial nutrient transport, colimitation of carbon fixation, the metabolism of microbial biofilms, and dynamics of carbon flux in marine ecosystems. Future methodological developments could provide new capabilities such as characterizing long-term ecosystem changes, biogeochemical reaction rates, and in situ stoichiometries. Yet challenges remain for ocean metaproteomics due to the great biological diversity that produces highly complex mass spectra, as well as the difficulty in obtaining and working with environmental samples. This review summarizes the progress and challenges facing ocean metaproteomic scientists and proposes best practices for data sharing of ocean metaproteomic data sets, including the data types and metadata needed to enable intercomparisons of protein distributions and annotations that could foster global ocean metaproteomic capabilities.
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影响因子：
6.4
作者：
Grote J;Thrash JC;Huggett MJ;Landry ZC;Carini P;Giovannoni SJ;Rappé MS
通讯作者：
Rappé MS
影响因子：
4.4
作者：
Gurdeep Singh, Robbert;Tanca, Alessandro;Mesuere, Bart
通讯作者：
Mesuere, Bart
影响因子：
3.4
作者：
Eng, Jimmy K.;Jahan, Tahmina A.;Hoopmann, Michael R.
通讯作者：
Hoopmann, Michael R.
影响因子：
3.7
作者：
Dyhrman ST;Jenkins BD;Rynearson TA;Saito MA;Mercier ML;Alexander H;Whitney LP;Drzewianowski A;Bulygin VV;Bertrand EM;Wu Z;Benitez-Nelson C;Heithoff A
通讯作者：
Heithoff A
DOI：
10.1534/g3.114.011825
发表时间：
2014-05-22
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Burton JN;Liachko I;Dunham MJ;Shendure J
通讯作者：
Shendure J