ChIPOTle: a user-friendly tool for the analysis of ChIP-chip data.
ChIPOTle: a user-friendly tool for the analysis of ChIP-chip data.
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DOI：
10.1186/gb-2005-6-11-r97
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发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Lieb JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Buck MJ;Nobel AB;Lieb JD
ChIPOTle 是一款专为分析 ChIP 芯片数据而设计的新型软件工具。 ChIPOTle（平铺阵列上的染色质免疫沉淀）利用 ChIP 芯片数据的两个独特特性：数据的单尾性质，由基因组片段的特异性富集而非特异性缺失引起；以及邻近蛋白质-DNA 直接相互作用位点的 DNA 片段的可预测富集。 ChIPOTle 作为用 Visual Basic 编写的 Microsoft Excel 宏来实现，它使用滑动窗口方法，可以改进蛋白质-DNA 相互作用的真实位点的识别。
ChIPOTle is a new software tool designed specifically for the analysis of ChIP-chip data. ChIPOTle (Chromatin ImmunoPrecipitation On Tiled arrays) takes advantage of two unique properties of ChIP-chip data: the single-tailed nature of the data, caused by specific enrichment but not specific depletion of genomic fragments; and the predictable enrichment of DNA fragments adjacent to sites of direct protein-DNA interaction. Implemented as a Microsoft Excel macro written in Visual Basic, ChIPOTle uses a sliding window approach that yields improvements in the identification of bona fide sites of protein-DNA interaction.
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影响因子：
9.8
作者：
Glynn, EF;Megee, PC;Gerton, JL
通讯作者：
Gerton, JL
DOI：
10.1073/pnas.1332764100
发表时间：
2003-07-08
影响因子：
11.1
作者：
Li, ZR;Van Calcar, S;Ren, B
通讯作者：
Ren, B
影响因子：
56.9
作者：
Lee, TI;Rinaldi, NJ;Young, RA
通讯作者：
Young, RA
影响因子：
56.9
作者：
Kapranov, P;Cawley, SE;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
30.8
作者：
Lieb, JD;Liu, XL;Brown, PO
通讯作者：
Brown, PO