Genome-wide chromosomal association of Upf1 is linked to Pol II transcription in Schizosaccharomyces pombe.
Genome-wide chromosomal association of Upf1 is linked to Pol II transcription in Schizosaccharomyces pombe.
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DOI：
10.1093/nar/gkab1249
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发表时间：
2022-01-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brogna S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
De S;Edwards DM;Dwivedi V;Wang J;Varsally W;Dixon HL;Singh AK;Owuamalam PO;Wright MT;Summers RP;Hossain MN;Price EM;Wojewodzic MW;Falciani F;Hodges NJ;Saponaro M;Tanaka K;Azzalin CM;Baumann P;Hebenstreit D;Brogna S
尽管迄今为止对 RNA 解旋酶 Upf1 的研究主要与其在无义介导的 mRNA 衰减 (NMD) 中的细胞质作用有关，但在这里，我们报告了高通量 ChIP 数据，表明 Upf1 与粟酒裂殖酵母中的活性基因在全基因组范围内关联。这种关联是 RNase 敏感的，与 Pol II 转录和 mRNA 表达水平相关。在 Upf1 缺陷 (upf1Δ) 菌株中检测到 Pol II 占据的变化，普遍存在于野生型中相对于 Pol II 相关性较高的 Upf1 基因上。此外，通过 ChIP-qPCR 检查的所有高度转录基因均检测到 Ser2 Pol II 信号增强。此外，upf1Δ 细胞对转录延伸抑制剂 6-azauracil 高度敏感。野生型条件下与 Upf1 相关的很大一部分基因在 upf1Δ 中也受到错误调节。这些数据表明，通过对新生转录本进行操作，Upf1 可能会影响 Pol II 磷酸化和转录。
Although the RNA helicase Upf1 has hitherto been examined mostly in relation to its cytoplasmic role in nonsense mediated mRNA decay (NMD), here we report high-throughput ChIP data indicating genome-wide association of Upf1 with active genes in Schizosaccharomyces pombe. This association is RNase sensitive, correlates with Pol II transcription and mRNA expression levels. Changes in Pol II occupancy were detected in a Upf1 deficient (upf1Δ) strain, prevalently at genes showing a high Upf1 relative to Pol II association in wild-type. Additionally, an increased Ser2 Pol II signal was detected at all highly transcribed genes examined by ChIP-qPCR. Furthermore, upf1Δ cells are hypersensitive to the transcription elongation inhibitor 6-azauracil. A significant proportion of the genes associated with Upf1 in wild-type conditions are also mis-regulated in upf1Δ. These data envisage that by operating on the nascent transcript, Upf1 might influence Pol II phosphorylation and transcription.
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DOI：
10.1002/wrna.1357
发表时间：
2016-09
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. RNA
影响因子：
--
作者：
Karousis ED;Nasif S;Mühlemann O
通讯作者：
Mühlemann O
影响因子：
4.5
作者：
Bhattacharya, A;Czaplinski, K;Peltz, SW
通讯作者：
Peltz, SW
影响因子：
2.5
作者：
EXINGER, F;LACROUTE, F
通讯作者：
LACROUTE, F
影响因子：
16.6
作者：
Fiorini F;Bagchi D;Le Hir H;Croquette V
通讯作者：
Croquette V
影响因子：
16
作者：
Fong N;Saldi T;Sheridan RM;Cortazar MA;Bentley DL
通讯作者：
Bentley DL