Functional Annotation of 2D Protein Maps: The GelMap Portal.
Functional Annotation of 2D Protein Maps: The GelMap Portal.
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2D蛋白图的功能注释：Gelmap门户。
DOI：
10.3389/fpls.2012.00087
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发表时间：
2012
影响因子：
5.6
通讯作者：
Braun HP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Senkler M;Braun HP
在经典蛋白质组分析中，最终实验数据是（a）通过凝胶电泳获得的二维蛋白质分离图像和（b）通过质谱（MS）鉴定的相应蛋白质列表。为了进行数据注释，开发了软件工具，允许将蛋白质身份数据直接链接到 2D 凝胶（“可点击凝胶”）。 GelMap 是一种新的在线软件工具，用于注释 2D 蛋白质图谱。它允许 (i) 根据用户定义的生物类别对所有已识别的蛋白质进行功能注释，例如亚细胞定位、代谢途径或蛋白质复合物的分配，以及 (ii) 根据 MS 原始数据对每个分析的蛋白质“点”的几种蛋白质进行注释。差异显示功能类别蛋白质的选项为数据评估提供了新的机会。例如，如果用于 2D Blue 天然/SDS 凝胶的注释，GelMap 可以识别低丰度的蛋白质复合物。已经建立了一个门户网站，用于展示和评估与 2D 凝胶相关的蛋白质身份数据，并且可以免费访问。
In classical proteome analyses, final experimental data are (a) images of 2D protein separations obtained by gel electrophoresis and (b) corresponding lists of proteins which were identified by mass spectrometry (MS). For data annotation, software tools were developed which allow the linking of protein identity data directly to 2D gels (“clickable gels”). GelMap is a new online software tool to annotate 2D protein maps. It allows (i) functional annotation of all identified proteins according to biological categories defined by the user, e.g., subcellular localization, metabolic pathway, or assignment to a protein complex and (ii) annotation of several proteins per analyzed protein “spot” according to MS primary data. Options to differentially display proteins of functional categories offer new opportunities for data evaluation. For instance, if used for the annotation of 2D Blue native/SDS gels, GelMap allows the identification of protein complexes of low abundance. A web portal has been established for presentation and evaluation of protein identity data related to 2D gels and is freely accessible at .
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