Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes.
Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq673
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发表时间：
2010-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Xiao M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das SK;Austin MD;Akana MC;Deshpande P;Cao H;Xiao M
纳米通道阵列由硅基半导体材料制成，可拉伸长的天然双链 DNA。在这里，我们提出了一种标记方案，可以识别拉伸 DNA 分子上特定序列的位置。该方案首先利用 Vent (exo-) 聚合酶的链置换活性在带切口的 dsDNA 上生成单链瓣。这些单链瓣与序列特异性荧光团标记的探针杂交。随后对纳米通道阵列装置内的 DNA 分子进行成像，可以定量识别探针的位置。 ss-DNA 瓣上的高效 DNA 杂交是识别 dsDNA 序列基序的绝佳方法，因为它使我们能够控制探针序列的长度，从而控制 DNA 上杂交位点的频率。我们还表明，通过使用不同的染料标记探针或与 DNA 聚合酶介导的切口位点荧光团标记核苷酸的掺入相结合，该技术可以扩展到多色标记方案。因此，这种标记化学与纳米通道平台相结合可以成为解决DNA复杂结构变异的强大工具，这对于遗传疾病的研究和临床诊断都很重要。
An array of nano-channels was fabricated from silicon based semiconductor materials to stretch long, native dsDNA. Here we present a labeling scheme in which it is possible to identify the location of specific sequences along the stretched DNA molecules. The scheme proceeds by first using the strand displacement activity of the Vent (exo-) polymerase to generate single strand flaps on nicked dsDNA. These single strand flaps are hybridized with sequence specific fluorophore-labeled probes. Subsequent imaging of the DNA molecules inside a nano-channel array device allows for quantitative identification of the location of probes. The highly efficient DNA hybridization on the ss-DNA flaps is an excellent method to identify the sequence motifs of dsDNA as it gives us unique ability to control the length of the probe sequence and thus the frequency of hybridization sites on the DNA. We have also shown that this technique can be extended to a multi color labeling scheme by using different dye labeled probes or by combining with a DNA- polymerase-mediated incorporation of fluorophore-labeled nucleotides on nicking sites. Thus this labeling chemistry in conjunction with the nano-channel platform can be a powerful tool to solve complex structural variations in DNA which is of importance for both research and clinical diagnostics of genetic diseases.
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DOI：
10.1073/pnas.95.14.8046
发表时间：
1998-07-07
影响因子：
11.1
作者：
Jing, JP;Reed, J;Schwartz, DC
通讯作者：
Schwartz, DC
影响因子：
56.9
作者：
Michalet, X;Ekong, R;Bensimon, A
通讯作者：
Bensimon, A
影响因子：
4
作者：
Cao, H;Tegenfeldt, JO;Chou, SY
通讯作者：
Chou, SY
影响因子：
4
作者：
Cao, H;Yu, ZN;Chou, SY
通讯作者：
Chou, SY
DOI：
10.1073/pnas.0611151104
发表时间：
2007-02-20
影响因子：
11.1
作者：
Jo, Kyubong;Dhingra, Dalia M.;Schwartz, David C.
通讯作者：
Schwartz, David C.