Preparing glycomics data for robust statistical analysis with GlyCompareCT.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2023.102162
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发表时间：
2023-03-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lewis, Nathan E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Yujie;Krishnan, Sridevi;Bao, Bokan;Chiang, Austin W. T.;Sorrentino, James T.;Schinn, Song-Min;Kellman, Benjamin P.;Lewis, Nathan E.
GlyCompareCT是一个便携式命令行工具，通过解决数据固有的稀疏性和非独立性，促进下游糖组学数据分析。输入聚糖丰度，用户可以运行GlyCompareCT，只需一行代码即可获得最小子结构集（称为glycomotif）的丰度，从而量化测量聚糖之间隐藏的生物合成关系。支持根据个人喜好进行可选参数调优和标注。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参见Bao et al.（2021年）。用于处理糖组学数据集的生物信息学工具聚糖结构分解，以提高统计能力和可解释性易于使用的命令行可执行文件出版商说明：进行任何实验方案都需要遵守当地机构的实验室安全和伦理准则。GlyCompareCT是一个便携式命令行工具，通过解决数据固有的稀疏性和非独立性，促进下游糖组学数据分析。输入聚糖丰度，用户可以运行GlyCompareCT，只需一行代码即可获得最小子结构集（称为glycomotif）的丰度，从而量化测量聚糖之间隐藏的生物合成关系。支持根据个人喜好进行可选参数调优和标注。
GlyCompareCT is a portable command-line tool to facilitate downstream glycomic data analyses, by addressing data inherent sparsity and non-independence. Inputting glycan abundances, users can run GlyCompareCT with one line of code to obtain the abundances of a minimal substructure set, named glycomotif, thereby quantifying hidden biosynthetic relationships between measured glycans. Optional parameters tuning and annotation are supported for personal preference. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Bao et al. (2021). Bioinformatics tool for processing glycomic data sets Glycan structure decomposition to increase statistical power and increase interpretability Easy-to-use command line executables Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. GlyCompareCT is a portable command-line tool to facilitate downstream glycomic data analyses, by addressing data inherent sparsity and non-independence. Inputting glycan abundances, users can run GlyCompareCT with one line of code to obtain the abundances of a minimal substructure set, named glycomotif, thereby quantifying hidden biosynthetic relationships between measured glycans. Optional parameters tuning and annotation are supported for personal preference.
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