Human and Mouse Transcriptome Profiling Identifies Cross-Species Homology in Pulmonary and Lymph Node Mononuclear Phagocytes.
Human and Mouse Transcriptome Profiling Identifies Cross-Species Homology in Pulmonary and Lymph Node Mononuclear Phagocytes.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2020.108337
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发表时间：
2020-11-03
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Jakubzick CV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leach SM;Gibbings SL;Tewari AD;Atif SM;Vestal B;Danhorn T;Janssen WJ;Wager TD;Jakubzick CV
单核吞噬细胞（MP）系统由巨噬细胞、单核细胞和树突状细胞（dc）组成。MP亚型在稳态和炎症条件下发挥不同的功能作用。尽管小鼠MPs已被很好地表征，但其肺和淋巴结（LN）的人类同源物仍知之甚少。为了解决这一差距，我们创建了一个基因表达纲要，涵盖24种不同的人类和小鼠肺和LN MPs，以及人类血液和小鼠脾脏MPs，作为验证数据集。深入的RNA测序鉴定相应的人-小鼠MP亚型，并确定跨物种共享和分化的标记基因。出乎意料的是，在前1000个标记基因中，只有13%-23%。在相应的人类-小鼠MP对应物中重叠。最后，两种物种的CD88有助于区分单核/巨噬细胞和dc。我们的跨物种表达纲要可作为未来翻译研究的资源，以事先调查追求特定的MP亚型或基因是否会证明富有成效。了解人和小鼠之间单核吞噬细胞的同源性对于将小鼠研究转化为人类医学至关重要。Leach等人使用深度RNA测序确定了15个人类和9个小鼠MPs的高度歧视性标记基因，这些MPs排列了跨物种同源物，并定义了保守和分化的标记基因。
The mononuclear phagocyte (MP) system consists of macrophages, monocytes, and dendritic cells (DCs). MP subtypes play distinct functional roles in steady-state and inflammatory conditions. Although murine MPs are well characterized, their pulmonary and lymph node (LN) human homologs remain poorly understood. To address this gap, we have created a gene expression compendium across 24 distinct human and murine lung and LN MPs, along with human blood and murine spleen MPs, to serve as validation datasets. In-depth RNA sequencing identifies corresponding human-mouse MP subtypes and determines marker genes shared and divergent across species. Unexpectedly, only 13%–23% of the top 1,000 marker genes(i.e., genes not shared across species-specific MP subtypes) overlap in corresponding human-mouse MP counterparts. Lastly, CD88 in both species helps distinguish monocytes/macrophages from DCs. Our cross-species expression compendium serves as a resource for future translational studies to investigate beforehand whether pursuing specific MP subtypes or genes will prove fruitful. Understanding the homology of mononuclear phagocytes between humans and mice is essential for translating murine studies into human medicine. Leach et al. use in-depth RNA sequencing to define highly discriminatory marker genes for 15 human and 9 mouse MPs that align cross-species homologs and define conserved and divergent marker genes.
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DOI：
10.1007/978-1-4939-8570-8_3
发表时间：
2018
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Gibbings SL;Jakubzick CV
通讯作者：
Jakubzick CV
影响因子：
30.5
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.4049/jimmunol.1500669
发表时间：
2015-07-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Atif SM;Nelsen MK;Gibbings SL;Desch AN;Kedl RM;Gill RG;Marrack P;Murphy KM;Grazia TJ;Henson PM;Jakubzick CV
通讯作者：
Jakubzick CV
影响因子：
32.4
作者：
Guilliams M;Dutertre CA;Scott CL;McGovern N;Sichien D;Chakarov S;Van Gassen S;Chen J;Poidinger M;De Prijck S;Tavernier SJ;Low I;Irac SE;Mattar CN;Sumatoh HR;Low GHL;Chung TJK;Chan DKH;Tan KK;Hon TLK;Fossum E;Bogen B;Choolani M;Chan JKY;Larbi A;Luche H;Henri S;Saeys Y;Newell EW;Lambrecht BN;Malissen B;Ginhoux F
通讯作者：
Ginhoux F
DOI：
10.1007/978-1-4939-7837-3_6
发表时间：
2018
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Atif SM;Gibbings SL;Jakubzick CV
通讯作者：
Jakubzick CV