An update of miRNASNP database for better SNP selection by GWAS data, miRNA expression and online tools.
An update of miRNASNP database for better SNP selection by GWAS data, miRNA expression and online tools.
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更新 miRNASNP 数据库，以便通过 GWAS 数据、miRNA 表达和在线工具更好地选择 SNP
DOI：
10.1093/database/bav029
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Guo AY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong J;Liu C;Liu W;Wu Y;Ma Z;Chen H;Guo AY
microRNA（miRNAs）是基因表达的关键调节因子，参与了广泛的生物学过程。MiRNASNP旨在提供可能影响miRNA生物发生和/或miRNA靶标结合的miRNA和基因中的单核苷酸多态性（SNP）。先进的miRNA研究提供了关于miRNA表达、验证的靶标和相关表型变体的丰富数据。在miRNASNP v2.0中，我们用几个新的数据和特征更新了我们以前的数据库，包括：（i）不同组织中miRNA和靶基因的表达水平和表达相关性，（ii）将SNP与全基因组关联研究的结果联系起来，（iii）整合实验验证的miRNA：mRNA相互作用，（iv）添加多个过滤器以优先考虑功能SNP。此外，作为数据库的补充，我们建立了三个灵活的在线工具来分析新变体对miRNA：mRNA结合的影响。为miRNASNP v2.0设计了一个新的漂亮的Web界面，允许用户浏览、搜索和下载。我们的目标是保持miRNASNP作为一个坚实的资源的功能，遗传学和疾病的研究miRNA相关的SNP。数据库URL：http://bioinfo.life。hust.edu.cn/miRNASNP2/.
MicroRNAs (miRNAs) are key regulators of gene expression involved in a broad range of biological processes. MiRNASNP aims to provide single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNAs and genes that may impact miRNA biogenesis and/or miRNA target binding. Advanced miRNA research provided abundant data about miRNA expression, validated targets and related phenotypic variants. In miRNASNP v2.0, we have updated our previous database with several new data and features, including: (i) expression level and expression correlation of miRNAs and target genes in different tissues, (ii) linking SNPs to the results of genome-wide association studies, (iii) integrating experimentally validated miRNA:mRNA interactions, (iv) adding multiple filters to prioritize functional SNPs. In addition, as a supplement of the database, we have set up three flexible online tools to analyse the influence of novel variants on miRNA:mRNA binding. A new nice web interface was designed for miRNASNP v2.0 allowing users to browse, search and download. We aim to maintain the miRNASNP as a solid resource for function, genetics and disease studies of miRNA-related SNPs. Database URL: http://bioinfo.life. hust.edu.cn/miRNASNP2/.
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发表时间：
2008-05-20
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