Advances in the characterization of RNA-binding proteins.
Advances in the characterization of RNA-binding proteins.
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DOI：
10.1002/wrna.1378
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发表时间：
2016-11
影响因子：
7.3
通讯作者：
Tartaglia, Gian G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marchese, Domenica;Sanchez de Groot, Natalia;Lorenzo Gotor, Nieves;Maria Livi, Carmen;Tartaglia, Gian G.
从转录、运输、储存到翻译，RNA依赖于与不同的RNA结合蛋白(RBP)的结合。基于下一代测序和蛋白质质谱学的方法已经开始揭示限制性商业惯例的全基因组相互作用，但许多方面仍然遥不可及。在高通量筛选中确定的结合位点中有多少是起作用的？已经开发了许多计算方法来分析实验数据，并获得对蛋白质-RNA相互作用的特异性的见解。如何利用理论模型来确定限制性商业惯例？除了低聚复合体之外，蛋白质和RNA分子还可以结合成颗粒状组合体，其物理性质仍然知之甚少。哪些蛋白质特征促进颗粒形成，这些集合体对细胞功能有什么影响？在这里，我们描述了蛋白质-RNA相互作用领域中最新的体外和体内蛋白质相互作用的进展。我们还提出了实验和计算方法在未来研究中必须面临的挑战。《电线RNA 2016》，7：793-810。DOI：10.1002/wrna.1378有关本文的更多资源，请访问WIRESS网站。
From transcription, to transport, storage, and translation, RNA depends on association with different RNA‐binding proteins (RBPs). Methods based on next‐generation sequencing and protein mass‐spectrometry have started to unveil genome‐wide interactions of RBPs but many aspects still remain out of sight. How many of the binding sites identified in high‐throughput screenings are functional? A number of computational methods have been developed to analyze experimental data and to obtain insights into the specificity of protein–RNA interactions. How can theoretical models be exploited to identify RBPs? In addition to oligomeric complexes, protein and RNA molecules can associate into granular assemblies whose physical properties are still poorly understood. What protein features promote granule formation and what effects do these assemblies have on cell function? Here, we describe the newest in silico, in vitro, and in vivo advances in the field of protein–RNA interactions. We also present the challenges that experimental and computational approaches will have to face in future studies. WIREs RNA 2016, 7:793–810. doi: 10.1002/wrna.1378 For further resources related to this article, please visit the WIREs website.
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影响因子：
14.9
作者：
Agostini F;Cirillo D;Bolognesi B;Tartaglia GG
通讯作者：
Tartaglia GG
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt495
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Agostini F;Zanzoni A;Klus P;Marchese D;Cirillo D;Tartaglia GG
通讯作者：
Tartaglia GG
影响因子：
4.8
作者：
Binger, Katrina J.;Ecroyd, Heath;Griffin, Michael D. W.
通讯作者：
Griffin, Michael D. W.
DOI：
10.1016/j.tem.2015.09.012
发表时间：
2015-12
期刊：
Trends in endocrinology and metabolism: TEM
影响因子：
--
作者：
Castello A;Hentze MW;Preiss T
通讯作者：
Preiss T
影响因子：
16.6
作者：
Beckmann BM;Horos R;Fischer B;Castello A;Eichelbaum K;Alleaume AM;Schwarzl T;Curk T;Foehr S;Huber W;Krijgsveld J;Hentze MW
通讯作者：
Hentze MW