Sequencing and characterization of the complete chloroplast genome of Sorbaria arborea (Rosaceae).
Sequencing and characterization of the complete chloroplast genome of Sorbaria arborea (Rosaceae).
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珍珠梅（蔷薇科）完整叶绿体基因组的测序和表征
DOI：
10.1080/23802359.2020.1721359
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发表时间：
2020-02-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Li Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun W;Chen Z;Lv Z;Li Z
树楸属植物是中国特有的一种。我们利用新一代Illumina测序技术对其叶绿体基因组进行测序和组装。160137 bp的基因组包含4个主要区段，包括长度为26332 bp的一对反向重复区、长度为19418 bp的小单拷贝区和长度为88055 bp的大单拷贝区。基因组GC含量为36.1%，包含113个独特基因，包括4个rrna、30个trna和79个蛋白质编码基因。基于25个蔷蔷科种的叶绿体基因组序列，构建了蔷蔷科种与Amygdaloideae的亲缘关系，支持了S. arborea与Amygdaloideae的亲缘关系。这一新测序的质体基因组为评估杉木的遗传多样性和系统发育位置提供了有用的信息。
Sorbaria arborea is a species which is endemic to China. We utilized next-generation Illumina sequencing technology to sequence and assemble its chloroplast genome. The 160,137 bp genome contained four main sections, including a pair of inverted repeat regions which were 26,332 bp in length, and a small single-copy region was 19,418 bp, as well as a large single-copy region, which was 88,055 bp. The genome had a GC content of 36.1% and contained 113 unique genes, including 4 rRNAs, 30 tRNAs, and 79 protein-coding genes. The phylogenetic relationship of 25 Rosaceae species was constructed based on their chloroplast genome sequences, which supported a close relationship between S. arborea and Amygdaloideae. This newly sequenced plastid genome provides useful information for assessing the genetic diversity and phylogenetic position of S. arborea.
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影响因子：
9.5
作者：
Katoh K;Rozewicki J;Yamada KD
通讯作者：
Yamada KD
影响因子：
5.1
作者：
Qu, Xiao-Jian;Moore, Michael J.;Yi, Ting-Shuang
通讯作者：
Yi, Ting-Shuang
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts199
发表时间：
2012-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kearse M;Moir R;Wilson A;Stones-Havas S;Cheung M;Sturrock S;Buxton S;Cooper A;Markowitz S;Duran C;Thierer T;Ashton B;Meintjes P;Drummond A
通讯作者：
Drummond A
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv383
发表时间：
2015-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Wick, Ryan R;Schultz, Mark B;Holt, Kathryn E
通讯作者：
Holt, Kathryn E
影响因子：
4.1
作者：
Chin, Siew-Wai;Shaw, Joey;Potter, Dan
通讯作者：
Potter, Dan