MicroScope: ChIP-seq and RNA-seq software analysis suite for gene expression heatmaps.
MicroScope: ChIP-seq and RNA-seq software analysis suite for gene expression heatmaps.
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显微镜：用于基因表达热图的CHIP-SEQ和RNA-SEQ软件分析套件。
DOI：
10.1186/s12859-016-1260-x
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发表时间：
2016-09-22
影响因子：
3
通讯作者：
Wahlestedt C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khomtchouk BB;Hennessy JR;Wahlestedt C
热图是一种不可缺少的可视化工具，用于检查跨各种类型的下一代测序数据集的基因组活动的大规模快照。然而，传统的热图软件通常不提供跨多层基因组分析（如差异表达分析、主成分分析、基因本体分析和网络分析）或多种类型的下一代测序数据集（如ChIP-seq和RNA-seq）的多尺度洞察力。因此，很自然地希望使用一套广泛的集成分析工具与热图的内容进行交互，这些工具适用于广泛的基因组数据类型。我们提出了一个用户友好的ChIP-seq和RNA-seq软件套件，用于基因组数据的交互式可视化和分析，包括集成功能，以支持差异表达分析，交互式热图生成，主成分分析，基因本体分析和动态网络分析。显微镜作为一个基于D3 JavaScript库的R Shiny web应用程序在线托管：http://microscopebioinformatics.org/。这些方法是用R实现的，并且可以作为显微镜项目的一部分访问：https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/Microscope。
Heatmaps are an indispensible visualization tool for examining large-scale snapshots of genomic activity across various types of next-generation sequencing datasets. However, traditional heatmap software do not typically offer multi-scale insight across multiple layers of genomic analysis (e.g., differential expression analysis, principal component analysis, gene ontology analysis, and network analysis) or multiple types of next-generation sequencing datasets (e.g., ChIP-seq and RNA-seq). As such, it is natural to want to interact with a heatmap’s contents using an extensive set of integrated analysis tools applicable to a broad array of genomic data types. We propose a user-friendly ChIP-seq and RNA-seq software suite for the interactive visualization and analysis of genomic data, including integrated features to support differential expression analysis, interactive heatmap production, principal component analysis, gene ontology analysis, and dynamic network analysis. MicroScope is hosted online as an R Shiny web application based on the D3 JavaScript library: http://microscopebioinformatics.org/. The methods are implemented in R, and are available as part of the MicroScope project at: https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/Microscope.
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