Completion of the porcine epidemic diarrhoea coronavirus (PEDV) genome sequence.
Completion of the porcine epidemic diarrhoea coronavirus (PEDV) genome sequence.
复制标题
猪腹泻冠状病毒（PEDV）基因组序列的完成。
DOI：
10.1023/a:1011831902219
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Tobler K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kocherhans R;Bridgen A;Ackermann M;Tobler K
猪流行性腹泻病毒(PEDV)复制酶基因的序列已确定。这完成了菌株 CV777 的整个基因组序列，其长度为 28,033 个核苷酸 (nt)（不包括多聚 A 尾）。克隆策略涉及基于基因组序列已确定的其他冠状病毒的预测 ORF1 产物中保守区域的引物，用于扩增 PEDV 的等效但未知序列。来自这些产物的一级序列被用来设计额外的引物，从而对 PEDV 的整个 ORF1 进行扩增和测序。对核苷酸序列的分析显示，在 5' 端附近有一个小的开放阅读框 (ORF)（编号 99-137），以及两个稍微重叠的大 ORF，ORF1a（nt 297-12650）和 ORF1b（nt 12605-20641）。 ORF1a 和 ORF1b 序列在潜在的核糖体移码位点处重叠。氨基酸序列分析表明，假定的 ORF1 蛋白中存在多个功能基序。与其他冠状病毒复制酶基因产物类似，ORF1a 中存在 3 个蛋白酶和 1 个生长因子样基序，ORF1b 中可以分配 1 个聚合酶结构域、1 个金属离子结合结构域和 1 个解旋酶基序。氨基酸序列比对显示，PEDV与人类冠状病毒（HCoV）-229E和传染性胃肠炎病毒（TGEV）关系最密切，与鼠肝炎病毒（MHV）和传染性支气管炎病毒（IBV）关系较小。因此，这些结果证实并扩展了 PEDV 结构基因序列分析的发现。
The sequence of the replicase gene of porcine epidemic diarrhoea virus (PEDV) has been determined. This completes the sequence of the entire genome of strain CV777, which was found to be 28,033 nucleotides (nt) in length (excluding the poly A-tail). A cloning strategy, which involves primers based on conserved regions in the predicted ORF1 products from other coronaviruses whose genome sequence has been determined, was used to amplify the equivalent, but as yet unknown, sequence of PEDV. Primary sequences derived from these products were used to design additional primers resulting in the amplification and sequencing of the entire ORF1 of PEDV. Analysis of the nucleotide sequences revealed a small open reading frame (ORF) located near the 5′ end (no 99–137), and two large, slightly overlapping ORFs, ORF1a (nt 297–12650) and ORF1b (nt 12605–20641). The ORF1a and ORF1b sequences overlapped at a potential ribosomal frame shift site. The amino acid sequence analysis suggested the presence of several functional motifs within the putative ORF1 protein. By analogy to other coronavirus replicase gene products, three protease and one growth factor-like motif were seen in ORF1a, and one polymerase domain, one metal ion-binding domain, and one helicase motif could be assigned within ORF1b. Comparative amino acid sequence alignments revealed that PEDV is most closely related to human coronavirus (HCoV)-229E and transmissible gastroenteritis virus (TGEV) and less related to murine hepatitis virus (MHV) and infectious bronchitis virus (IBV). These results thus confirm and extend the findings from sequence analysis of the structural genes of PEDV.
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