Genome-wide analysis of the plant-specific PLATZ proteins in maize and identification of their general role in interaction with RNA polymerase III complex.
Genome-wide analysis of the plant-specific PLATZ proteins in maize and identification of their general role in interaction with RNA polymerase III complex.
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对玉米中植物特异性 PLATZ 蛋白进行全基因组分析，并鉴定其在与 RNA 聚合酶 III 复合物相互作用中的一般作用。
DOI：
10.1186/s12870-018-1443-x
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发表时间：
2018-10-05
影响因子：
5.3
通讯作者：
Wu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Ji C;Li Q;Zhou Y;Wu Y
背景PLATZ蛋白是一类新的植物特异性锌依赖性DNA结合蛋白，属于转录因子。然而，其共同的生化特性和功能知之甚少。所有ZmPLATZs均位于细胞核中，与其作为TF的预测作用一致。然而，没有发现ZmPLATZs在酵母中具有内在活化特性。我们最近的工作表明，FL 3（ZmPLATZ 12）与RPC 53和TFC 1相互作用，这是RNA聚合酶III（RNAPIII）转录复合物中的两个关键因子。使用酵母双杂交试验，我们确定了其他七个PLATZs与RPC 53和TFC 1相互作用，而三个与这两个因子没有蛋白质-蛋白质相互作用。其他6个PLATZs与RPC 53或TFC 1相互作用。这些发现表明ZmPLATZ蛋白通常参与RNAPIII介导的小非编码RNA转录的调节。我们还鉴定了水稻（Oryza sativa）和拟南芥（Arabidopsis thaliana）中的所有PLATZ成员，并构建了ZmPLATZs的最大似然系统发育树。由此产生的树包括44个成员和5 subfamily.ConclusionsThis研究提供了深入了解的系统发育关系，蛋白质结构，表达模式和细胞定位的PLATZs在玉米。在本研究中，我们分别鉴定了9个和13个与RPC 53和TFC 1具有蛋白质-蛋白质相互作用的ZmPLATZs。总体而言，在玉米中的PLATZ家族的表征和功能分析将铺平道路，了解RNAPIII介导的调节植物发育。
BackgroundPLATZ proteins are a novel class of plant-specific zinc-dependent DNA-binding proteins that are classified as transcription factors (TFs). However, their common biochemical features and functions are poorly understood.ResultHere, we identified and cloned 17PLATZgenes in the maize (Zea mays) genome. All ZmPLATZs were located in nuclei, consistent with their predicted role as TFs. However, none of ZmPLATZs was found to have intrinsic activation properties in yeast. Our recent work shows that FL3 (ZmPLATZ12) interacts with RPC53 and TFC1, two critical factors in the RNA polymerase III (RNAPIII) transcription complex. Using the yeast two-hybrid assay, we determined that seven other PLATZs interacted with both RPC53 and TFC1, whereas three had no protein-protein interaction with these two factors. The other six PLATZs interacted with either RPC53 or TFC1. These findings indicate that ZmPLATZ proteins are generally involved in the modulation of RNAPIII-mediated small non-coding RNA transcription. We also identified all of the PLATZ members in rice (Oryza sativa) andArabidopsis thalianaand constructed a Maximum likelihood phylogenetic tree for ZmPLATZs. The resulting tree included 44 members and 5 subfamilies.ConclusionsThis study provides insight into understanding of the phylogenetic relationship, protein structure, expression pattern and cellular localization of PLATZs in maize. We identified nine and thirteen ZmPLATZs that have protein-protein interaction with RPC53 and TFC1 in the current study, respectively. Overall, the characterization and functional analysis of the PLATZ family in maize will pave the way to understanding RNAPIII-mediated regulation in plant development.
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影响因子：
16.6
作者：
Willis IM;Moir RD
通讯作者：
Moir RD
影响因子：
16
作者：
Upadhya, R;Lee, JH;Willis, IM
通讯作者：
Willis, IM
DOI：
10.1016/j.bbagrm.2009.11.010
发表时间：
2010-01
影响因子：
4.7
作者：
Stillman, David J.
通讯作者：
Stillman, David J.
影响因子：
14.9
作者：
Nagano, Y;Furuhashi, H;Sasaki, Y
通讯作者：
Sasaki, Y
影响因子：
56.9
作者：
Riechmann, JL;Heard, J;Yu, CL
通讯作者：
Yu, CL