Human papillomavirus genotype concordance between Anyplex II HPV28 and linear array HPV genotyping test in anogenital samples.
Human papillomavirus genotype concordance between Anyplex II HPV28 and linear array HPV genotyping test in anogenital samples.
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DOI：
10.1002/jmv.27605
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发表时间：
2022-06
影响因子：
12.7
通讯作者：
Franco, Eduardo L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Coutlee, Francois;de Pokomandy, Alexandra;Burchell, Ann N.;El-Zein, Mariam;Mayrand, Marie-Helene;Rodrigues-Coutlee, Sophie;Money, Deborah;Comete, Emilie;McClymont, Elisabeth;Rouleau, Danielle;Franco, Eduardo L.
Anyplex II HPV-28 (HPV-28) 可单独检测 28 种 HPV 基因型。我们评估了线性阵列 HPV 基因分型 (LA-HPV) 和 HPV-28 之间的一致性，用于检测 410 份储存的肛门生殖器样本（75 份肛门样本、335 份医生收集的宫颈样本）中的 27 HPV 基因型，这些样本是 5 年来从 410 名个体（13 名男性，397 名女性）收集的，其中包括 202 名 HIV 血清阳性个体。分别在 393 个（95.9%，95% CI 93.4–97.4）和 382 个（93.2%，95% CI 90.3–95.3）样本中检测到 HPV-28 和 LA-HPV (p=0.13)，一致性高达 96.3% (kappa=0.65)。在 10,503 份 HPV 分型结果中，10,195 份（780 份阳性，9,577 份阴性）一致（一致性为 97.1%，95% CI 96.7–97.4（kappa=0.82，95% CI 0.80–0.84）。27 种基因型的平均类型特异性一致性为97.0%, 95% CI 95.8–98.5 （kappa = 0.86±0.07，95% CI 0.83–0.88）。所有高风险基因型 (kappa=0.81–0.97) 和大多数其他基因型（42、44、54、68 和 69 型除外）均获得了极好的一致性。使用 LA-HPV 检测到的不一致样本中每个样本的平均类型数（3.0，95% CI） 2.7–3.4）大于一致样本（1.4，95% CI 1.3–1.5；p<0.001）。总之，HPV-28 与 LA-HPV 相比具有优势，但 HPV42 和 68 的阳性率更高。
Anyplex II HPV-28 (HPV-28) can detect individually 28 HPV genotypes. We assessed the agreement between Linear array HPV genotyping (LA-HPV) and HPV-28 for detection of 27 HPV genotypes in 410 stored anogenital samples (75 anal samples, 335 physician-collected cervical samples) collected over 5 years from 410 individuals (13 men, 397 women), including 202 HIV-seropositive individuals. HPV DNA was detected in 393 (95.9%, 95% confidence interval (CI) 93.4–97.4) and 382 (93.2%, 95% CI 90.3–95.3) samples with HPV-28 and LA-HPV (p=0.13), respectively, for a good agreement of 96.3% (kappa=0.65). Of the 10,503 HPV typing results, 10,195 (780 positive, 9,577 negative) were concordant (agreement of 97.1%, 95% CI 96.7–97.4 (kappa=0.82, 95% CI 0.80–0.84). The mean type-specific concordance for 27 genotypes was 97.0%, 95% CI 95.8–98.5 (kappa = 0.86±0.07, 95% CI 0.83–0.88). Excellent agreement was obtained individually for all high-risk genotypes (kappa=0.81–0.97) and for most other genotypes except for types 42, 44, 54, 68 and 69. The mean number of types per sample in discordant samples detected with LA-HPV (3.0, 95% CI 2.7–3.4) was greater than in concordant samples (1.4, 95% CI 1.3–1.5; p<0.001). In conclusion, HPV-28 compared favorably with LA-HPV but was more frequently positive for HPV42 and 68.
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影响因子：
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作者：
Eklund, Carina;Zhou, Tiequn;Dillner, Joakim
通讯作者：
Dillner, Joakim
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3.1
作者：
Malagón T;Burchell A;El-Zein M;Guénoun J;Tellier PP;Coutlée F;Franco EL;HITCH study group
通讯作者：
HITCH study group
DOI：
10.1097/ede.0b013e3181c1e70b
发表时间：
2010-01
期刊：
Epidemiology (Cambridge, Mass.)
影响因子：
--
作者：
Burchell AN;Tellier PP;Hanley J;Coutlée F;Franco EL
通讯作者：
Franco EL
影响因子：
6.4
作者：
de Pokomandy, Alexandra;Rouleau, Danielle;Coutlee, Francois
通讯作者：
Coutlee, Francois
DOI：
10.3390/v12121437
发表时间：
2020-12-14
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Latsuzbaia A;Wienecke-Baldacchino A;Tapp J;Arbyn M;Karabegović I;Chen Z;Fischer M;Mühlschlegel F;Weyers S;Pesch P;Mossong J
通讯作者：
Mossong J