Towards a unified open access dataset of molecular interactions.
Towards a unified open access dataset of molecular interactions.
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DOI：
10.1038/s41467-020-19942-z
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发表时间：
2020-12-01
影响因子：
16.6
通讯作者：
Orchard S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Porras P;Barrera E;Bridge A;Del-Toro N;Cesareni G;Duesbury M;Hermjakob H;Iannuccelli M;Jurisica I;Kotlyar M;Licata L;Lovering RC;Lynn DJ;Meldal B;Nanduri B;Paneerselvam K;Panni S;Pastrello C;Pellegrini M;Perfetto L;Rahimzadeh N;Ratan P;Ricard-Blum S;Salwinski L;Shirodkar G;Shrivastava A;Orchard S
国际分子交换联盟（IMEx）为科学家们提供了一个实验验证的蛋白质相互作用的单一实体，这些相互作用以丰富的背景细节策划，符合国际商定的标准。在这篇IMEx联盟工作的更新中，我们将讨论这一倡议如何在实践中发挥作用，它如何确保数据库的可持续性，以及它如何通过引入新的交互器类型和数据格式来应对新出现的注释挑战。此外，我们还提供了生物医学研究人员如何使用IMEx数据并将其整合到其他生物信息学工具和资源中的示例。IMEx联盟提供了最大的资源之一，精心策划，实验验证的分子相互作用数据。在这里，作者回顾了IMEx如何发展成为生命科学家的基础资源，并描述了IMEx数据如何支持生物医学研究。
The International Molecular Exchange (IMEx) Consortium provides scientists with a single body of experimentally verified protein interactions curated in rich contextual detail to an internationally agreed standard. In this update to the work of the IMEx Consortium, we discuss how this initiative has been working in practice, how it has ensured database sustainability, and how it is meeting emerging annotation challenges through the introduction of new interactor types and data formats. Additionally, we provide examples of how IMEx data are being used by biomedical researchers and integrated in other bioinformatic tools and resources. The IMEx consortium provides one of the largest resources of curated, experimentally verified molecular interaction data. Here, the authors review how IMEx evolved into a fundamental resource for life scientists and describe how IMEx data can support biomedical research.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx497
发表时间：
2017-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Combe CW;Sivade MD;Hermjakob H;Heimbach J;Meldal BHM;Micklem G;Orchard S;Rappsilber J
通讯作者：
Rappsilber J
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
14.9
作者：
Alanis-Lobato G;Andrade-Navarro MA;Schaefer MH
通讯作者：
Schaefer MH
影响因子：
4.4
作者：
Garcia-Dorival, Isabel;Wu, Weining;Hiscox, Julian A.
通讯作者：
Hiscox, Julian A.
影响因子：
14.9
作者：
Clerc O;Deniaud M;Vallet SD;Naba A;Rivet A;Perez S;Thierry-Mieg N;Ricard-Blum S
通讯作者：
Ricard-Blum S