Comparative Analysis of Microbiome Metagenomics in Reintroduced Wild Horses and Resident Asiatic Wild Asses in the Gobi Desert Steppe.
Comparative Analysis of Microbiome Metagenomics in Reintroduced Wild Horses and Resident Asiatic Wild Asses in the Gobi Desert Steppe.
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戈壁草原放归野马与常住亚洲野驴微生物组宏基因组学比较分析
DOI：
10.3390/microorganisms10061166
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发表时间：
2022-06-07
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
肠道微生物组为宿主提供了重要的生态效益;然而，我们对功能性微生物组与野生动物适应，特别是易位的濒危物种的适应的理解是滞后的。在这项研究中，我们采用了比较宏基因组学的方法来测试微生物群是否会因具有不同适应潜力的易位物种和常驻物种而发生分歧。首次利用宏基因组鸟枪测序方法比较了荒漠草原同域分布的普氏野马和亚洲野驴的微生物组的组成和功能。我们确定了微生物组组成的显着差异，就存在的微生物及其相对丰度而言，而微生物物种的多样性是相似的。此外，功能谱似乎收敛之间的两个主机，与核心代谢功能的基因往往更丰富的野驴。我们的研究结果表明，同域野生马科动物的微生物组成不同，同时具有稳定的微生物功能核心，这可能使他们能够在具有挑战性的栖息地生存。更丰富的有益类群，如阿克曼氏菌，以及与代谢途径和酶相关的基因，如木质素降解，可能有助于野驴更多样化的饮食选择和更大的家庭范围。
The gut microbiome offers important ecological benefits to the host; however, our understanding of the functional microbiome in relation to wildlife adaptation, especially for translocated endangered species, is lagging. In this study, we adopted a comparative metagenomics approach to test whether the microbiome diverges for translocated and resident species with different adaptive potentials. The composition and function of the microbiome of sympatric Przewalski’s horses and Asiatic wild asses in desert steppe were compared for the first time using the metagenomic shotgun sequencing approach. We identified a significant difference in microbiome composition regarding the microbes present and their relative abundances, while the diversity of microbe species was similar. Furthermore, the functional profile seemed to converge between the two hosts, with genes related to core metabolism function tending to be more abundant in wild asses. Our results indicate that sympatric wild equids differ in their microbial composition while harboring a stable microbial functional core, which may enable them to survive in challenging habitats. A higher abundance of beneficial taxa, such as Akkermansia, and genes related to metabolism pathways and enzymes, such as lignin degradation, may contribute to more diverse diet choices and larger home ranges of wild asses.
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影响因子：
4.7
作者：
Edwards JE;Shetty SA;van den Berg P;Burden F;van Doorn DA;Pellikaan WF;Dijkstra J;Smidt H
通讯作者：
Smidt H
影响因子：
2.7
作者：
Bahloul, K;Pereladova, OB;Sempéré, AJ
通讯作者：
Sempéré, AJ
影响因子：
3.2
作者：
Hu D;Yang J;Qi Y;Li B;Li K;Mok KM
通讯作者：
Mok KM
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
1.3
作者：
Garber, Anna;Hastie, Peter;Murray, Jo-Anne
通讯作者：
Murray, Jo-Anne