Three chromosome-level duck genome assemblies provide insights into genomic variation during domestication.
Three chromosome-level duck genome assemblies provide insights into genomic variation during domestication.
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DOI：
10.1038/s41467-021-26272-1
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发表时间：
2021-10-11
影响因子：
16.6
通讯作者：
Hou ZC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu F;Yin ZT;Wang Z;Smith J;Zhang F;Martin F;Ogeh D;Hincke M;Lin FB;Burt DW;Zhou ZK;Hou SS;Zhao QS;Li XQ;Ding SR;Li GS;Yang FX;Hao JP;Zhang Z;Lu LZ;Yang N;Hou ZC
家鸭饲养的肉，蛋和羽毛，几乎所有的品种都是从绿头鸭（Anas platyrhynchos）。在这里，我们报告染色体水平的高质量的基因组组装肉鸭和蛋鸭品种，和绿头鸭。我们的新基因组数据库包含数千个新蛋白质编码基因的注释，并恢复了鸟类中大部分假定的“缺失基因”。我们获得了调控蛋壳生物矿化的C型凝集素（CTL）家族成员的整个基因组序列。我们的种群和比较基因组学分析提供了鸭种群之间超过3600万个序列变异。此外，突变体细胞系允许确认NR2F2在鸭中的预测的抗脂肪形成功能，并揭示了北京鸭特异性的可能影响脂肪沉积的突变。我们的研究为鸟类进化和卵生的遗传学提供了新的见解，并将为未来鸭商业性状的遗传改良提供丰富的资源。家鸭是绿头鸭的后裔，饲养有几个目的。在这里，作者提出了三个高质量的鸭基因组组装，恢复以前丢失的基因，并提供了丰富的变异资源可能与驯化。
Domestic ducks are raised for meat, eggs and feather down, and almost all varieties are descended from the Mallard (Anas platyrhynchos). Here, we report chromosome-level high-quality genome assemblies for meat and laying duck breeds, and the Mallard. Our new genomic databases contain annotations for thousands of new protein-coding genes and recover a major percentage of the presumed “missing genes” in birds. We obtain the entire genomic sequences for the C-type lectin (CTL) family members that regulate eggshell biomineralization. Our population and comparative genomics analyses provide more than 36 million sequence variants between duck populations. Furthermore, a mutant cell line allows confirmation of the predicted anti-adipogenic function of NR2F2 in the duck, and uncovered mutations specific to Pekin duck that potentially affect adipose deposition. Our study provides insights into avian evolution and the genetics of oviparity, and will be a rich resource for the future genetic improvement of commercial traits in the duck. Domestic ducks are descended from the Mallard and have been bred for several purposes. Here the authors present three high-quality duck genome assemblies which recover previously missing genes and provide a rich resource of variants potentially related to domestication.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
4.9
作者：
Bao W;Kojima KK;Kohany O
通讯作者：
Kohany O
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
影响因子：
14.9
作者：
Bromberg Y;Rost B
通讯作者：
Rost B
影响因子：
--
作者：
Blanco, Enrique;Parra, Genis;Guigo, Roderic
通讯作者：
Guigo, Roderic