SNP Cutter: a comprehensive tool for SNP PCR-RFLP assay design.
SNP Cutter: a comprehensive tool for SNP PCR-RFLP assay design.
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DOI：
10.1093/nar/gki358
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liu C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang R;Zhu Z;Zhu H;Nguyen T;Yao F;Xia K;Liang D;Liu C
聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)是一种相对简单、廉价的单核苷酸多态(SNPs)基因分型方法。它只需要最少的仪器投资。在这里，我们描述了一个名为SNP Cutter的网络应用程序，它设计了对一批来自人类基因组的SNP进行PCR-RFLP分析。NCBI数据库SNP的ID或格式化的SNP被提交到SNP切割器中，然后SNP切割器使用预先选择的列表中的限制酶来执行酶选择。该程序能够根据SNP序列数据，为自然的PCR-RFLP或错配的PCR-RFLP设计引物。SNP Cutter产生评估和执行基因分型实验所需的信息，包括PCR引物列表、原始扩增片段的大小和酶消化后的不同等位基因片段。某些输出数据以制表符分隔，因此适用于数据库存档。SNP切割机可在以下网址获得。
The Polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR–RFLP) is a relatively simple and inexpensive method for genotyping single nucleotide polymorphisms (SNPs). It requires minimal investment in instrumentation. Here, we describe a web application, ‘SNP Cutter,’ which designs PCR–RFLP assays on a batch of SNPs from the human genome. NCBI dbSNP rs IDs or formatted SNPs are submitted into the SNP Cutter which then uses restriction enzymes from a pre-selected list to perform enzyme selection. The program is capable of designing primers for either natural PCR–RFLP or mismatch PCR–RFLP, depending on the SNP sequence data. SNP Cutter generates the information needed to evaluate and perform genotyping experiments, including a PCR primers list, sizes of original amplicons and different allelic fragment after enzyme digestion. Some output data is tab-delimited, therefore suitable for database archiving. The SNP Cut-ter is available at .
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