A tutorial for software development in quantitative proteomics using PSI standard formats.
A tutorial for software development in quantitative proteomics using PSI standard formats.
复制标题
DOI：
10.1016/j.bbapap.2013.04.004
复制
发表时间：
2014-01
影响因子：
3.2
通讯作者：
Jones, Andrew R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gonzalez-Galarza, Faviel F.;Qi, Da;Fan, Jun;Bessant, Conrad;Jones, Andrew R.
人类蛋白质组组织-蛋白质组学标准倡议（HUPO-PSI）十年来一直致力于开发标准化格式，以促进数据共享和公共数据库存储。在本文中，我们回顾了三个HUPO-PSI数据标准- mzML， mzIdentML和mzQuantML，它们可用于设计一个完整的基于质谱（MS）的蛋白质组学定量分析管道。在本教程中，我们简要描述了每个数据模型的内容，足以供生物信息学家设计蛋白质组学软件。我们还提供了使用Java为这些标准开发的最新发布的应用程序编程接口（api）的指导，这使得读取和写入任何大小的文件都很简单。我们已经生成了一组示例Java类和一个基本的图形用户界面，以演示如何使用PSI标准的最重要部分，可从http://code.google.com/p/psi-standard-formats-tutorial获得。这篇文章是特刊的一部分，题目是：后鉴定时代的计算蛋白质组学。客座编辑：Martin Eisenacher和Christian Stephan。帮助软件开发人员使用PSI标准格式的教程。对可用的编程接口和工具的描述。代码片段和一个基本的图形界面，以帮助理解。
The Human Proteome Organisation — Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) has been working for ten years on the development of standardised formats that facilitate data sharing and public database deposition. In this article, we review three HUPO-PSI data standards — mzML, mzIdentML and mzQuantML, which can be used to design a complete quantitative analysis pipeline in mass spectrometry (MS)-based proteomics. In this tutorial, we briefly describe the content of each data model, sufficient for bioinformaticians to devise proteomics software. We also provide guidance on the use of recently released application programming interfaces (APIs) developed in Java for each of these standards, which makes it straightforward to read and write files of any size. We have produced a set of example Java classes and a basic graphical user interface to demonstrate how to use the most important parts of the PSI standards, available from http://code.google.com/p/psi-standard-formats-tutorial. This article is part of a Special Issue entitled: Computational Proteomics in the Post-Identification Era. Guest Editors: Martin Eisenacher and Christian Stephan. A tutorial to help software developers use PSI standard formats. A description of programming interfaces and tools available. Code snippets and a basic graphical interface to assist understanding.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/database/bat009
发表时间：
2013
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Mayer G;Montecchi-Palazzi L;Ovelleiro D;Jones AR;Binz PA;Deutsch EW;Chambers M;Kallhardt M;Levander F;Shofstahl J;Orchard S;Vizcaíno JA;Hermjakob H;Stephan C;Meyer HE;Eisenacher M;HUPO-PSI Group
通讯作者：
HUPO-PSI Group
影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
4.3
作者：
Colinge J;Bennett KL
通讯作者：
Bennett KL
影响因子：
5.8
作者：
Craig, R;Beavis, RC
通讯作者：
Beavis, RC
DOI：
10.1007/978-1-61779-148-2_24
发表时间：
2011-01-01
期刊：
GEL-FREE PROTEOMICS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Martens, Lennart
通讯作者：
Martens, Lennart