Gene Regulatory Circuits in Innate and Adaptive Immune Cells.
Gene Regulatory Circuits in Innate and Adaptive Immune Cells.
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DOI：
10.1146/annurev-immunol-101320-025949
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发表时间：
2022-04-26
影响因子：
29.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
细胞身份和功能在很大程度上依赖于发育和分化过程中转录组的编程。签名基因表达程序是由顺式作用启动子和增强子组成的调控回路精心安排的，这些启动子和增强子通过转录因子的作用对过多的线索做出反应。反过来，转录因子指导表观遗传修饰以修改染色质景观，并驱动远端启动子-增强子组合之间的接触。在免疫细胞中，效应基因的调节回路特别复杂和灵活，利用不同的转录因子和增强子，这取决于每种细胞类型在感染期间、在感知细胞损伤后或在遇到肿瘤时接收的线索。在这里，我们回顾了先天性和适应性免疫细胞内基因调控程序协调的主要参与者，以及可以用来破译其潜在电路的整合组学方法。
Cell identity and function largely rely on the programming of transcriptomes during development and differentiation. Signature gene expression programs are orchestrated by regulatory circuits consisting of cis-acting promoters and enhancers, which respond to a plethora of cues via the action of transcription factors. In turn, transcription factors direct epigenetic modifications to revise chromatin landscapes, and drive contacts between distal promoter-enhancer combinations. In immune cells, regulatory circuits for effector genes are especially complex and flexible, utilizing distinct sets of transcription factors and enhancers, depending on the cues each cell type receives during an infection, after sensing cellular damage, or upon encountering a tumor. Here, we review major players in the coordination of gene regulatory programs within innate and adaptive immune cells, as well as integrative omics approaches that can be leveraged to decipher their underlying circuitry.
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DOI：
10.15252/embj.201592534
发表时间：
2016-03-01
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Bevington SL;Cauchy P;Piper J;Bertrand E;Lalli N;Jarvis RC;Gilding LN;Ott S;Bonifer C;Cockerill PN
通讯作者：
Cockerill PN
影响因子：
30.5
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
30.5
作者：
Bernink, Jochem H.;Peters, Charlotte P.;Spits, Hergen
通讯作者：
Spits, Hergen
影响因子：
16.8
作者：
Choi J;Crotty S
通讯作者：
Crotty S
影响因子：
29
作者：
Arts RJ;Novakovic B;Ter Horst R;Carvalho A;Bekkering S;Lachmandas E;Rodrigues F;Silvestre R;Cheng SC;Wang SY;Habibi E;Gonçalves LG;Mesquita I;Cunha C;van Laarhoven A;van de Veerdonk FL;Williams DL;van der Meer JW;Logie C;O'Neill LA;Dinarello CA;Riksen NP;van Crevel R;Clish C;Notebaart RA;Joosten LA;Stunnenberg HG;Xavier RJ;Netea MG
通讯作者：
Netea MG