A gene regulatory network for neural induction
A gene regulatory network for neural induction
复制标题
用于神经诱导的基因调控网络
DOI：
10.1101/2021.04.16.440164
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Trevers K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Trevers K
在早期脊椎动物发育过程中，来自胚胎的一个特殊区域，即组织者的信号可以改变非神经外胚层细胞的命运，以形成一个完整的、有图案的神经系统。这被称为神经诱导，通常被认为是一个单一的信号事件，导致命运的转变。在这里，我们进行了一个全面的分析，在非常精细的时间过程中，暴露后的事件的小鸡的主管外胚层的组织者（原始条纹的尖端，亨森结）。利用转录组学和表观基因组学，我们建立了一个基因调控网络，包括175个转录调控因子和5614个可预测的相互作用，从最初的信号暴露到成熟的神经板标记物的表达，具有精细的时间动态。通过原位杂交、单细胞rna测序和报告基因分析，我们发现对移植物组织者的反应的基因调控层次与正常神经板发育的事件非常相似。这项研究伴随着大量的资源，包括关于其他脊椎动物中预测的增强子的保护信息。
During early vertebrate development, signals from a special region of the embryo, the organizer, can redirect the fate of non-neural ectoderm cells to form a complete, patterned nervous system. This is called neural induction and has generally been imagined as a single signalling event, causing a switch of fate. Here, we undertake a comprehensive analysis, in very fine time course, of the events following exposure of competent ectoderm of the chick to the organizer (the tip of the primitive streak, Hensen’s node). Using transcriptomics and epigenomics we generate a gene regulatory network comprising 175 transcriptional regulators and 5614 predicted interactions between them, with fine temporal dynamics from initial exposure to the signals to expression of mature neural plate markers. Using in situ hybridization, single-cell RNA-sequencing, and reporter assays, we show that the gene regulatory hierarchy of responses to a grafted organizer closely resembles the events of normal neural plate development. The study is accompanied by an extensive resource, including information about conservation of the predicted enhancers in other vertebrates.
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鸡胚胎中的神经诱导和区域化。
影响因子：
4.6
作者：
Kg Storey;Jm Crossley;Em Derobertis;We Norris;Cd Stern
通讯作者：
Cd Stern
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1007/bf00315703
发表时间：
1981-01-01
期刊：
ANATOMY AND EMBRYOLOGY
影响因子：
--
作者：
STERN, CD;IRELAND, GW
通讯作者：
IRELAND, GW
影响因子：
9.2
作者：
Brown, JM;Storey, KG
通讯作者：
Storey, KG
影响因子：
64.5
作者：
Tim Stuart;Andrew Butler;Paul J. Hoffman;Christoph Hafemeister;Efthymia Papalexi;William M. Mauck;
通讯作者：
Tim Stuart;Andrew Butler;Paul J. Hoffman;Christoph Hafemeister;Efthymia Papalexi;William M. Mauck;