Changes in abundance of oral microbiota associated with oral cancer.
Changes in abundance of oral microbiota associated with oral cancer.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0098741
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Albertson DG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmidt BL;Kuczynski J;Bhattacharya A;Huey B;Corby PM;Queiroz EL;Nightingale K;Kerr AR;DeLacure MD;Veeramachaneni R;Olshen AB;Albertson DG
单个细菌和微生物组组成的变化与包括癌症在内的人类疾病有关。为了研究与口腔癌相关的微生物组的变化，我们通过对16S rDNA高变区扩增序列进行测序，对同一患者的癌症和解剖匹配的对侧正常组织进行了分析。在来自一项发现和随后的确认队列的癌症样本中，与来自同一患者的对侧正常样本相比，菲米库特(特别是链球菌)和放线杆菌(特别是Rothia)的丰度显著降低。在癌症前期，观察到这些门类的丰度显著减少，但当比较来自健康个体的对侧部位(舌头和口底)的样本时，并没有观察到明显的减少。基于12个分类群的加权UniFrac主坐标分析将大多数癌症与其他结节阳性病例分离最大的样本区分开来。这些研究开始开发一个框架，利用口腔微生物组来监测口腔癌的发展、进展和复发。
Individual bacteria and shifts in the composition of the microbiome have been associated with human diseases including cancer. To investigate changes in the microbiome associated with oral cancers, we profiled cancers and anatomically matched contralateral normal tissue from the same patient by sequencing 16S rDNA hypervariable region amplicons. In cancer samples from both a discovery and a subsequent confirmation cohort, abundance of Firmicutes (especially Streptococcus) and Actinobacteria (especially Rothia) was significantly decreased relative to contralateral normal samples from the same patient. Significant decreases in abundance of these phyla were observed for pre-cancers, but not when comparing samples from contralateral sites (tongue and floor of mouth) from healthy individuals. Weighted UniFrac principal coordinates analysis based on 12 taxa separated most cancers from other samples with greatest separation of node positive cases. These studies begin to develop a framework for exploiting the oral microbiome for monitoring oral cancer development, progression and recurrence.
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使用通用的unifrac距离将微生物组组成与环境协变量相关联。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts342
发表时间：
2012-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chen J;Bittinger K;Charlson ES;Hoffmann C;Lewis J;Wu GD;Collman RG;Bushman FD;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
7
作者：
Castellarin, Mauro;Warren, Rene L.;Holt, Robert A.
通讯作者：
Holt, Robert A.
DOI：
10.1038/ismej.2010.30
发表时间：
2010-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1000080107
发表时间：
2011-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Caporaso, J. Gregory;Lauber, Christian L.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
6.7
作者：
Bizzarro, Sergio;Loos, Bruno G.;Zaura, Egija
通讯作者：
Zaura, Egija