aCLImatise: automated generation of tool definitions for bioinformatics workflows.
aCLImatise: automated generation of tool definitions for bioinformatics workflows.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa1033
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发表时间：
2021-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Thorne N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Milton M;Thorne N
aCLImatise是一个通过解析命令行帮助输出自动生成与生物信息学工作流语言兼容的工具定义的实用程序。aCLImatise还有一个关联的数据库，称为aCLImatise Base Camp，它提供了数千个预先计算的工具定义。最新的aCLImatise源代码可在GitHub组织中获得，遵循GPL-3.0许可：https://github.com/aCLImatise。特别是，aCLImatise Python包的文档可在https://aclimatise.github.io/CliHelpParser/上获得，而aCLImatise BaseCamp可在https://aclimatise.github.io/BaseCamp/上获得。补充数据可在生物信息学网站获得。
aCLImatise is a utility for automatically generating tool definitions compatible with bioinformatics workflow languages, by parsing command-line help output. aCLImatise also has an associated database called the aCLImatise Base Camp, which provides thousands of pre-computed tool definitions. The latest aCLImatise source code is available within a GitHub organisation, under the GPL-3.0 license: https://github.com/aCLImatise. In particular, documentation for the aCLImatise Python package is available at https://aclimatise.github.io/CliHelpParser/, and the aCLImatise Base Camp is available at https://aclimatise.github.io/BaseCamp/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
影响因子：
2.7
作者：
Bedo, Justin
通讯作者：
Bedo, Justin
影响因子：
--
作者：
Hillion, Kenzo-Hugo;Kuzmin, Ivan;Menager, Herve
通讯作者：
Menager, Herve
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp352
发表时间：
2009-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Handsaker B;Wysoker A;Fennell T;Ruan J;Homer N;Marth G;Abecasis G;Durbin R;1000 Genome Project Data Processing Subgroup
通讯作者：
1000 Genome Project Data Processing Subgroup
影响因子：
14.9
作者：
Afgan E;Baker D;Batut B;van den Beek M;Bouvier D;Cech M;Chilton J;Clements D;Coraor N;Grüning BA;Guerler A;Hillman-Jackson J;Hiltemann S;Jalili V;Rasche H;Soranzo N;Goecks J;Taylor J;Nekrutenko A;Blankenberg D
通讯作者：
Blankenberg D