Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work.
Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.7b00370
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发表时间：
2017-12-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Jones AR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deutsch EW;Orchard S;Binz PA;Bittremieux W;Eisenacher M;Hermjakob H;Kawano S;Lam H;Mayer G;Menschaert G;Perez-Riverol Y;Salek RM;Tabb DL;Tenzer S;Vizcaíno JA;Walzer M;Jones AR
人类蛋白质组组织的蛋白质组学标准倡议(PSI)15年来一直在开发和推动蛋白质组学领域的开放社区标准和软件工具。在主席、联合主席和其他领导职位的指导下，防扩散安全倡议工作组的任务是通过特别讲习班和正在进行的工作来制定和维护社区标准。在现有的批准标准中，随着新技术和技术的进步，PSI工作组不断更新PSI-MI XML、Mitab、mzML、mzIdentML、mzQuantML、mzTab和MIAPE(蛋白质组学实验的最小信息)指南。此外，新的标准目前处于完成的最后阶段(PROBAM和PROBAM以获得蛋白质组学结果以及PEF)或处于设计的早期阶段(谱库标准格式、通用谱识别符、qcML质量控制格式和蛋白质表达接口(PROXI)网络服务应用编程接口)。在这项工作中，我们回顾了PSI所有这些方面的现状，描述了与其他努力的协同作用，如蛋白质交换联盟、人类蛋白质组计划和代谢组学社区，并展望了PSI的未来方向。
The Proteomics Standards Initiative (PSI) of the Human Proteome Organization (HUPO) has now been developing and promoting open community standards and software tools in the field of proteomics for 15 years. Under the guidance of the chair, cochairs, and other leadership positions, the PSI working groups are tasked with the development and maintenance of community standards via special workshops and ongoing work. Among the existing ratified standards, the PSI working groups continue to update PSI-MI XML, MITAB, mzML, mzIdentML, mzQuantML, mzTab, and the MIAPE (Minimum Information About a Proteomics Experiment) guidelines with the advance of new technologies and techniques. Furthermore, new standards are currently either in the final stages of completion (proBed and proBAM for proteogenomics results as well as PEFF) or in early stages of design (a spectral library standard format, a universal spectrum identifier, the qcML quality control format, and the Protein Expression Interface (PROXI) web services Application Programming Interface). In this work we review the current status of all of these aspects of the PSI, describe synergies with other efforts such as the ProteomeXchange Consortium, the Human Proteome Project, and the metabolomics community, and provide a look at future directions of the PSI.
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影响因子：
14.9
作者：
Deutsch EW;Csordas A;Sun Z;Jarnuczak A;Perez-Riverol Y;Ternent T;Campbell DS;Bernal-Llinares M;Okuda S;Kawano S;Moritz RL;Carver JJ;Wang M;Ishihama Y;Bandeira N;Hermjakob H;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA
影响因子：
7.4
作者：
Bittremieux, Wout;Walzer, Mathias;Tabb, David L.
通讯作者：
Tabb, David L.
影响因子：
3.4
作者：
Eng, Jimmy K.;Jahan, Tahmina A.;Hoopmann, Michael R.
通讯作者：
Hoopmann, Michael R.
人蛋白质组项目质谱数据解释指南2.1。
影响因子：
4.4
作者：
Deutsch EW;Overall CM;Van Eyk JE;Baker MS;Paik YK;Weintraub ST;Lane L;Martens L;Vandenbrouck Y;Kusebauch U;Hancock WS;Hermjakob H;Aebersold R;Moritz RL;Omenn GS
通讯作者：
Omenn GS
影响因子：
48
作者：
Griss J;Perez-Riverol Y;Lewis S;Tabb DL;Dianes JA;Del-Toro N;Rurik M;Walzer MW;Kohlbacher O;Hermjakob H;Wang R;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA