RCSB Protein Data Bank 1D tools and services.
RCSB Protein Data Bank 1D tools and services.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa1012
复制
发表时间：
2021-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Duarte JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Segura J;Rose Y;Westbrook J;Burley SK;Duarte JM
聚合物序列和结构数据之间的互操作性对于提供蛋白质和基因特征的完整图像并帮助理解生物分子功能至关重要。在此，我们提出了两种资源，旨在提高 RCSB 蛋白质数据库、NCBI 和 UniProtKB 数据资源之间的互操作性，并可视化其中的集成数据。底层工具提供了在不同坐标空间之间映射的灵活方法，并且交互式工具允许在网络上方便地可视化一维数据。 https://1d-coordinates.rcsb.org 和 https://rcsb.github.io/rcsb-saguaro。 补充数据可在生物信息学在线获取。
Interoperability between polymer sequences and structural data is essential for providing a complete picture of protein and gene features and helping to understand biomolecular function. Herein, we present two resources designed to improve interoperability between the RCSB Protein Data Bank, the NCBI and the UniProtKB data resources and visualize integrated data therefrom. The underlying tools provide a flexible means of mapping between the different coordinate spaces and an interactive tool allows convenient visualization of the 1-dimensional data over the web. https://1d-coordinates.rcsb.org and https://rcsb.github.io/rcsb-saguaro. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.3
作者：
Lafita, Aleix;Bliven, Spencer;Duarte, Jose M.
通讯作者：
Duarte, Jose M.
影响因子：
14.9
作者：
Zerbino DR;Achuthan P;Akanni W;Amode MR;Barrell D;Bhai J;Billis K;Cummins C;Gall A;Girón CG;Gil L;Gordon L;Haggerty L;Haskell E;Hourlier T;Izuogu OG;Janacek SH;Juettemann T;To JK;Laird MR;Lavidas I;Liu Z;Loveland JE;Maurel T;McLaren W;Moore B;Mudge J;Murphy DN;Newman V;Nuhn M;Ogeh D;Ong CK;Parker A;Patricio M;Riat HS;Schuilenburg H;Sheppard D;Sparrow H;Taylor K;Thormann A;Vullo A;Walts B;Zadissa A;Frankish A;Hunt SE;Kostadima M;Langridge N;Martin FJ;Muffato M;Perry E;Ruffier M;Staines DM;Trevanion SJ;Aken BL;Cunningham F;Yates A;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
影响因子：
14.9
作者：
Wu, CH;Yeh, LSL;Barker, WC
通讯作者：
Barker, WC
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
1.8
作者：
Jaschob, Daniel;Davis, Trisha N;Riffle, Michael
通讯作者：
Riffle, Michael