Robust single-cell DNA methylome profiling with snmC-seq2.
Robust single-cell DNA methylome profiling with snmC-seq2.
复制标题
DOI：
10.1038/s41467-018-06355-2
复制
发表时间：
2018-09-20
影响因子：
16.6
通讯作者：
Ecker JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo C;Rivkin A;Zhou J;Sandoval JP;Kurihara L;Lucero J;Castanon R;Nery JR;Pinto-Duarte A;Bui B;Fitzpatrick C;O'Connor C;Ruga S;Van Eden ME;Davis DA;Mash DC;Behrens MM;Ecker JR
单细胞DNA甲基组分析使得研究复杂组织和细胞重编程过程中的表观基因组异质性成为可能。然而，该方法的广泛应用受到测序文库质量不高的阻碍。与snmC-seq相比，snmC-seq2提供了改进的读取映射，减少了人工读取，提高了吞吐量，增加了库的复杂性和覆盖均匀性。snmC-seq2是一种适用于大规模单细胞表观基因组研究的有效策略。单细胞DNA甲基组分析允许研究组织中的表观基因组异质性，但一直受到文库质量的阻碍。在这里，作者展示了snmC-seq2，它改善了映射、吞吐量和库的复杂性。
Single-cell DNA methylome profiling has enabled the study of epigenomic heterogeneity in complex tissues and during cellular reprogramming. However, broader applications of the method have been impeded by the modest quality of sequencing libraries. Here we report snmC-seq2, which provides improved read mapping, reduced artifactual reads, enhanced throughput, as well as increased library complexity and coverage uniformity compared to snmC-seq. snmC-seq2 is an efficient strategy suited for large-scale single-cell epigenomic studies. Single-cell DNA methylome profiling allows the study of epigenomic heterogeneity in tissues but has been impeded by library quality. Here the authors demonstrate snmC-seq2 which improves mapping, throughput and library complexity.
登录
查看更多内容
单细胞甲基组鉴定哺乳动物皮质中的神经元亚型和调节元素。
DOI：
10.1126/science.aan3351
发表时间：
2017-08-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Luo C;Keown CL;Kurihara L;Zhou J;He Y;Li J;Castanon R;Lucero J;Nery JR;Sandoval JP;Bui B;Sejnowski TJ;Harkins TT;Mukamel EA;Behrens MM;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
影响因子：
46.9
作者：
Mulqueen RM;Pokholok D;Norberg SJ;Torkenczy KA;Fields AJ;Sun D;Sinnamon JR;Shendure J;Trapnell C;O'Roak BJ;Xia Z;Steemers FJ;Adey AC
通讯作者：
Adey AC
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
48
作者：
Daley, Timothy;Smith, Andrew D.
通讯作者：
Smith, Andrew D.
影响因子：
48
作者：
Smallwood, Sebastien A.;Lee, Heather J.;Angermueller, Christof;Krueger, Felix;Saadeh, Heba;Peet, Julian;Andrews, Simon R.;Stegle, Oliver;Reik, Wolf;Kelsey, Gavin
通讯作者：
Kelsey, Gavin