BioPlexR and BioPlexPy: integrated data products for the analysis of human protein interactions.
BioPlexR and BioPlexPy: integrated data products for the analysis of human protein interactions.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad091
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发表时间：
2023-03-01
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BioPlex项目已经创建了两个蛋白质组规模的细胞系特异性蛋白质相互作用（PPI）网络：第一个是在293T细胞中，包括15k个蛋白质之间的120k个相互作用；第二个是在HCT116细胞中，包括10k个蛋白质之间的70k个相互作用。在这里，我们描述了对BioPlex PPI网络的编程访问，以及与R和Python中的相关资源的集成。除了293T和HCT116细胞的PPI网络外，这还包括访问这两种细胞系的CORUM蛋白复合物数据、PFAM蛋白结构域数据、PDB蛋白结构以及转录组和蛋白质组数据。实现的功能可作为BioPlex PPI数据整合下游分析的基础，使用特定域的R和Python包，包括高效执行最大评分子网络分析、蛋白质域-域关联分析、PPI到3D蛋白质结构的映射以及BioPlex PPI在转录组学和蛋白质组学数据界面的分析。BioPlex R包可从Bioconductor （bioconductor.org/packages/BioPlex）获得，BioPlex Python包可从PyPI （pypi.org/project/bioplexpy）获得。应用程序和下游分析可从GitHub （github.com/ccb-hms/BioPlexAnalysis）获得。
The BioPlex project has created two proteome scale, cell-line-specific protein–protein interaction (PPI) networks: the first in 293T cells, including 120k interactions among 15k proteins; and the second in HCT116 cells, including 70k interactions between 10k proteins. Here, we describe programmatic access to the BioPlex PPI networks and integration with related resources from within R and Python. Besides PPI networks for 293T and HCT116 cells, this includes access to CORUM protein complex data, PFAM protein domain data, PDB protein structures, and transcriptome and proteome data for the two cell lines. The implemented functionality serves as a basis for integrative downstream analysis of BioPlex PPI data with domain-specific R and Python packages, including efficient execution of maximum scoring sub-network analysis, protein domain–domain association analysis, mapping of PPIs onto 3D protein structures and analysis of BioPlex PPIs at the interface of transcriptomic and proteomic data. The BioPlex R package is available from Bioconductor (bioconductor.org/packages/BioPlex), and the BioPlex Python package is available from PyPI (pypi.org/project/bioplexpy). Applications and downstream analyses are available from GitHub (github.com/ccb-hms/BioPlexAnalysis).
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