Recombination in the 5′ Leader of Murine Leukemia Virus Is Accurate and Influenced by Sequence Identity with a Strong Bias toward the Kissing-Loop Dimerization Region
Recombination in the 5′ Leader of Murine Leukemia Virus Is Accurate and Influenced by Sequence Identity with a Strong Bias toward the Kissing-Loop Dimerization Region
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鼠白血病病毒 5 前导序列的重组是准确的，并受到序列同一性的影响，并且强烈偏向接环二聚化区域
DOI：
10.1128/jvi.72.9.6967-6978.1998
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发表时间：
1998
影响因子：
5.4
通讯作者：
F. Pedersen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Mikkelsen;A. Lund;M. Duch;F. Pedersen
逆转录病毒重组在二聚体RNA基因组逆转录过程中经常发生。通过一种强制重组的方法，我们研究了两个密切相关的自然发生的逆转录病毒序列之间的重组，该方法基于含有引物结合位点敲除突变的Akv小鼠白血病病毒载体和整个5 '非翻译区的转导。在包含多个序列身份窗口的481个核苷酸的靶序列中，基于24个独立的模板转换事件，我们发现，在负链DNA合成过程中，从载体RNA转移到内源性逆转录病毒RNA模板发生在基因组的特定区域内，并且不会导致交叉位点的错结合。重组位点的非随机分布并不反映由于在标记基因表达水平上的选择而导致的特定位点的偏倚。我们讨论了模板转换是否受到序列同一性长度、回文序列和/或假定的茎环结构的影响。在24个重组位点中，有16个位点位于接吻环二聚化区，我们认为回文序列之间的RNA-RNA相互作用促进了模板切换。我们讨论了二聚化结构域在逆转录RNA二聚体整体结构中的假定作用，并注意到在远程RNA病毒中可能发现模板切换的相关机制。
ABSTRACT Retroviral recombination occurs frequently during reverse transcription of the dimeric RNA genome. By a forced recombination approach based on the transduction of Akv murine leukemia virus vectors harboring a primer binding site knockout mutation and the entire 5′ untranslated region, we studied recombination between two closely related naturally occurring retroviral sequences. On the basis of 24 independent template switching events within a 481-nucleotide target sequence containing multiple sequence identity windows, we found that shifting from vector RNA to an endogenous retroviral RNA template during minus-strand DNA synthesis occurred within defined areas of the genome and did not lead to misincorporations at the crossover site. The nonrandom distribution of recombination sites did not reflect a bias for specific sites due to selection at the level of marker gene expression. We address whether template switching is affected by the length of sequence identity, by palindromic sequences, and/or by putative stem-loop structures. Sixteen of 24 sites of recombination colocalized with the kissing-loop dimerization region, and we propose that RNA-RNA interactions between palindromic sequences facilitate template switching. We discuss the putative role of the dimerization domain in the overall structure of the reverse-transcribed RNA dimer and note that related mechanisms of template switching may be found in remote RNA viruses.
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DOI：
10.1073/pnas.87.4.1556
发表时间：
1990-02-01
影响因子：
11.1
作者：
HU, WS;TEMIN, HM
通讯作者：
TEMIN, HM
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DOI：
10.1002/j.1460-2075.1994.tb06311.x
发表时间：
1994
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Yang,S;Temin,HM
通讯作者：
Temin,HM