Acylation probing of "generic" RNA libraries reveals critical influence of loop constraints on reactivity.
Acylation probing of "generic" RNA libraries reveals critical influence of loop constraints on reactivity.
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DOI：
10.1016/j.chembiol.2022.05.005
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发表时间：
2022-08-18
影响因子：
8.6
通讯作者：
Kool, Eric T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiao, Lu;Fang, Linglan;Kool, Eric T.
RNA 2 '-OH酰化的反应性在探测结构和制备缀合物中都是广泛有用的。到目前为止，这种反应性已经在有限的生物RNA序列中进行了分析，留下了一个悬而未决的问题，即反应性如何在结构化背景下内在地变化而不考虑序列。我们使用同源环序列构建和探测“通用”结构RNA文库，采用深度测序进行反应性的系统调查。我们发现单链序列之间的RNA反应性范围很广，最近的邻居起着重要的作用。值得注意的是，某些小环被发现比单链RNA的反应性平均高得多（高达4000倍），这是由于增强反应性的构象限制。在环之间，我们观察到反应性的大小，类型和位置的基础上的大的变化。这些结果有助于深入了解RNA设计，以实现高效的局部缀合，并为改进结构分析提供了新的机会。Xiao等人调查了“通用”RNA文库中的RNA 2 '-OH酰化反应性，揭示了惊人的反应模式以及最近邻和环约束的关键影响。这些发现为高产量局部缀合的RNA设计和改进RNA结构分析的新数据提供了见解。
The reactivity of RNA 2’-OH acylation is broadly useful both in probing structure and in preparing conjugates. To date, this reactivity has been analyzed in limited sets of biological RNA sequences, leaving open questions of how reactivity varies inherently without regard to sequence in structured contexts. We constructed and probed “generic” structured RNA libraries using homogeneous loop sequences, employing deep sequencing to carry out a systematic survey of reactivity. We find a wide range of RNA reactivities among single-stranded sequences, with nearest neighbors playing substantial roles. Remarkably, certain small loops are found to be far more reactive on average (up to 4000-fold) than single-stranded RNAs, due to conformational constraints that enhance reactivity. Among loops, we observe large variations in reactivity based on size, type, and position. The results lend insights into RNA designs for achieving high-efficiency local conjugation and provide new opportunities to refine structure analysis. Xiao et al. surveyed RNA 2’-OH acylation reactivity in “generic” RNA libraries, revealing striking reactivity patterns and critical influence of nearest neighbors and loop constraints. These findings provide insights into RNA designs for high-yield local conjugation and new data to refine RNA structure analysis.
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DOI：
10.1038/s41580-019-0136-0
发表时间：
2019-08
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Ganser LR;Kelly ML;Herschlag D;Al-Hashimi HM
通讯作者：
Al-Hashimi HM
影响因子：
2.9
作者：
Bonneau, Eric;Legault, Pascale
通讯作者：
Legault, Pascale
DOI：
10.1073/pnas.1219988110
发表时间：
2013-04-02
影响因子：
11.1
作者：
Hajdin, Christine E.;Bellaousov, Stanislav;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.
影响因子：
4.7
作者：
Fessler, Adam B.;Fowler, Anthony J.;Ogle, Craig A.
通讯作者：
Ogle, Craig A.
影响因子：
5.2
作者：
Habibian, Maryam;Velema, Willem A.;Kool, Eric T.
通讯作者：
Kool, Eric T.