Targeting folded RNA: a branched peptide boronic acid that binds to a large surface area of HIV-1 RRE RNA.
Targeting folded RNA: a branched peptide boronic acid that binds to a large surface area of HIV-1 RRE RNA.
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DOI：
10.1039/c3ob41053f
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发表时间：
2013-10-07
影响因子：
3.2
通讯作者：
Santos WL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang W;Bryson DI;Crumpton JB;Wynn J;Santos WL
一个中等大小（1000-2000 Da）支链肽硼酸（BPBA）文库的高通量筛选，该文库由46,656个独特序列组成，具有低微摩尔范围内的结合亲和力。特别是，BPBA1对RRE IIB的Kd为1.4 μ M，对RNA的偏好高于DNA（27倍），对RRE IIB变体的选择性高达75倍。结构活性研究表明，多肽中的硼酸片段和“分支”是有效结合和选择性折叠RNA靶标的关键结构特征。BPBA1被HeLa和A2780细胞高效摄取。rna足迹研究显示，BPBA1结合位点覆盖了很大的表面积，横跨RRE IIB的上部茎和内部环区。
On-bead high throughput screening of a medium sized (1000–2000 Da) branched peptide boronic acid (BPBA) library consisting of 46,656 unique sequences against HIV-1 RRE RNA generated peptides with binding affinities in the low micromolar range. In particular, BPBA1 had a Kd of 1.4 µM with RRE IIB, preference for RNA over DNA (27 fold), and selectivity of up to >75 fold against a panel of RRE IIB variants. Structure-activity studies suggest that the boronic acid moiety and “branching” in peptides are key structural features for efficient binding and selectivity for the folded RNA target. BPBA1 was efficiently taken up by HeLa and A2780 cells. RNA-footprinting studies revealed that the BPBA1 binding site encompasses a large surface area that spans both the upper stem as well as the internal loop regions of RRE IIB.
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