Systems biology meets synthetic biology: a case study of the metabolic effects of synthetic rewiring.
Systems biology meets synthetic biology: a case study of the metabolic effects of synthetic rewiring.
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系统生物学遇上合成生物学：合成重连代谢效应的案例研究。
DOI：
10.1039/b904729h
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发表时间：
2009
影响因子：
--
通讯作者：
Noirel J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Noirel J
我们提出了一种系统生物学方法来研究在细胞底盘中插入合成电路的全球代谢效应。我们的方法将高通量蛋白质组学与MMG概率工具相结合，该工具将数据与代谢回路的拓扑结构相结合。我们提出了一个理论分析的基础上，我们的方法，以及实验结果的突变株大肠杆菌的光受体电路插入和乳糖代谢。我们的研究结果表明，该系统的方法管理，以提取有意义的信息，不能从蛋白质组数据中恢复的天真阈值的数据。该工具可用于分析合成生物学应用中新电路和底盘之间的关系。
We present a systems biology approach to study the global metabolic effects of the insertion of synthetic circuits in a cellular chassis. Our approach combines high-throughput proteomics with the MMG probabilistic tool, which integrates the data with the metabolic circuit’s topology. We present a theoretical analysis of the foundations of our approach, as well as experimental results on a mutant strain of Escherichia coli where a light-receptor circuit was inserted and coupled with lactose metabolism. Our results show that the systems approach manages to extract meaningful information from the proteomic data that cannot be recovered by naive thresholding of the data. This tool can be used to characterise the relationship between new circuits and chassis in synthetic biology applications.
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DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
A N James;M. J. B. Green;J. R. Paine;A Balmford;K. Gaston;S. Blyth;A. James;V. Kapos;K K Kar
通讯作者：
A N James;M. J. B. Green;J. R. Paine;A Balmford;K. Gaston;S. Blyth;A. James;V. Kapos;K K Kar
基于 iTRAQ 的定量分析，详细阐述发菜的蛋白质组学反应。
影响因子：
4.4
作者：
Karin Stensjö;S. Ow;M. Barrios;P. Lindblad;P. Wright
通讯作者：
P. Wright
蓝藻高通量蛋白质组学的当前趋势
影响因子：
3.5
作者：
S. Ow;P. Wright
通讯作者：
P. Wright
从基因组到系统：酵母之路
DOI：
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发表时间：
2006
期刊：
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences
影响因子：
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作者：
S. Oliver
通讯作者：
S. Oliver
代谢网络的通量分布接近最佳生物量生产。
DOI：
10.1103/physreve.78.035101
发表时间：
2008
期刊：
Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics
影响因子：
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作者：
G. Bianconi
通讯作者：
G. Bianconi