The complete chloroplast genome sequence of Nekemias cantoniensis (Hook. et Arn.) Planch 1873 (Vitaceae).
The complete chloroplast genome sequence of Nekemias cantoniensis (Hook. et Arn.) Planch 1873 (Vitaceae).
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Nekemias cantoniensis (Hook. et Arn.) Planch 1873（葡萄科）的完整叶绿体基因组序列
DOI：
10.1080/23802359.2022.2109436
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Deng Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo Y;Wang R;Li Q;Liu J;Deng Z
Nekemias cantoniensis (Hook. et Arn.) Planch 1873 是一种原产于中国华南和西南部的木本藤本植物，富含黄酮类化合物，并具有优异的药理活性。本研究的目的是利用 Illumina 双端测序数据来表征广州猪笼草的完整叶绿体 (cp) 基因组。综上所述，广州猪笼草完整的cp基因组呈现出长度为162,655个碱基对的四分结构，包括89,341个碱基对的大单拷贝（LSC）区域、19,076个碱基对的小单拷贝（SSC）区域和两个27,119个碱基对的反向重复（IR）区域。基因组的总体GC含量为37.41%，而LSC、SSC和IR区域的相应值分别为34.75%、32.89%和43.02%。基因组包含137个基因，其中87个编码蛋白质，36个编码tRNA，8个编码rRNA。最大似然系统发育分析表明，广州猪笼草与粗齿猪笼草聚在一起。
Nekemias cantoniensis (Hook. et Arn.) Planch 1873 is a woody vine species native to South and Southwest China that is rich in flavonoids and also displays excellent pharmacological activities. The purpose of this study was to characterize the complete chloroplast (cp) genome of N. cantoniensis using Illumina pair-end sequencing data. In summary, the complete cp genome of N. cantoniensis exhibits a quadripartite structure with a length of 162,655 base pairs, including a large single-copy (LSC) region of 89,341 base pairs, a small single-copy (SSC) region of 19,076 base pairs, and two inverted repeats (IRs) regions of 27,119 base pairs. The overall GC content of the genome is 37.41%, while the corresponding values for the LSC, SSC, and IR regions are 34.75%, 32.89%, and 43.02%, respectively. The genome contains 137 genes, of which 87 are protein coding, 36 are tRNA coding, and eight are rRNA coding. Maximum-likelihood phylogenetic analyses revealed that N. cantoniensis was clustered with N. grossedentata.
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