Transcription Factor Chromatin Immunoprecipitation in Endothelial Cells.
Transcription Factor Chromatin Immunoprecipitation in Endothelial Cells.
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内皮细胞中转录因子染色质免疫沉淀。
DOI：
10.1007/978-1-0716-2059-5_20
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发表时间：
2022
期刊：
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通讯作者：
Kitchen P
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Kitchen P
DNA和蛋白质之间的相互作用对基因表达的调控至关重要。染色质免疫沉淀（ChIP）是一种强大的技术，可以研究培养细胞和新鲜或固定组织中的特定蛋白质- dna相互作用。分离并剪切染色质，并使用针对感兴趣的蛋白质的抗体来分离特定的蛋白质- dna复合物。随后通过实时聚合酶链反应（qPCR）或下一代测序（NGS）进行分析，可以对共纯化的DNA片段进行鉴定和定量，NGS还可以深入了解蛋白质的基因组结合位点。在这里，我们描述了一种交联ChIP （X-ChIP）方案，以myc标记的富含脯氨酸同源结构域（PRH）蛋白在人脐静脉内皮细胞中的表达为例。我们还描述了如何使用定量PCR分析特定的已知或可疑的结合位点，以及如何从ChIP测序数据分析全基因组结合。
Interactions between DNA and proteins are crucial for the regulation of gene expression. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful technique that allows the study of specific protein–DNA interactions in cultured cells and fresh or fixed tissue. Chromatin is isolated and sheared, and antibodies against the protein(s) of interest are used to isolate specific protein–DNA complexes. Subsequent analysis by real-time polymerase chain reaction (qPCR) or next-generation sequencing (NGS) allows identification and quantification of the co-purified DNA fragments, and NGS also gives insight into the genomic binding sites of a protein. Here we describe a cross-linking ChIP (X-ChIP) protocol, based around the example of a myc-tagged Proline-Rich Homeodomain (PRH) protein expressed in human umbilical vein endothelial cells. We also describe how to analyse specific known or suspected binding sites using quantitative PCR as well as how to analyse genome-wide binding from ChIP sequencing data.
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