Inexpensive multiplexed library preparation for megabase-sized genomes.
Inexpensive multiplexed library preparation for megabase-sized genomes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0128036
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kishony R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baym M;Kryazhimskiy S;Lieberman TD;Chung H;Desai MM;Kishony R
全基因组测序已成为现代生物学不可或缺的工具。然而，相对于测序成本，样品制备的成本仍然很高，特别是对于前者占主导地位的小基因组。在这里，我们提出了一种快速、廉价地制备数百个用于 Illumina 测序的多重基因组文库的方案。通过小批量进行 Nextera 标记反应，用更便宜的同类试剂替代昂贵的试剂，并省略不必要的步骤，我们实现了每个样品 8 美元的文库制备成本，大约比标准 Nextera XT 方案便宜 6 倍。此外，我们的流程仅需不到 5 小时即可处理 96 个样本。然后可以通过自定义条形码将数百个样本汇集在同一个 HiSeq 通道上。我们的方法可用于微生物或病毒基因组的重新测序，包括来自进化实验、遗传筛选和环境样本的基因组，以及其他测序应用，包括大型扩增子、开放染色体、人工染色体和 RNA 测序。
Whole-genome sequencing has become an indispensible tool of modern biology. However, the cost of sample preparation relative to the cost of sequencing remains high, especially for small genomes where the former is dominant. Here we present a protocol for rapid and inexpensive preparation of hundreds of multiplexed genomic libraries for Illumina sequencing. By carrying out the Nextera tagmentation reaction in small volumes, replacing costly reagents with cheaper equivalents, and omitting unnecessary steps, we achieve a cost of library preparation of $8 per sample, approximately 6 times cheaper than the standard Nextera XT protocol. Furthermore, our procedure takes less than 5 hours for 96 samples. Several hundred samples can then be pooled on the same HiSeq lane via custom barcodes. Our method will be useful for re-sequencing of microbial or viral genomes, including those from evolution experiments, genetic screens, and environmental samples, as well as for other sequencing applications including large amplicon, open chromosome, artificial chromosomes, and RNA sequencing.
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超低输入，基于标记的全基因组硫酸盐测序。
影响因子：
7
作者：
Adey A;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
DOI：
10.1126/science.1250939
发表时间：
2014-06-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kryazhimskiy S;Rice DP;Jerison ER;Desai MM
通讯作者：
Desai MM
影响因子：
64.8
作者：
Tyson, GW;Chapman, J;Banfield, JF
通讯作者：
Banfield, JF
影响因子：
12.3
作者：
Hegreness M;Kishony R
通讯作者：
Kishony R
影响因子：
12.3
作者：
Adey A;Morrison HG;Asan;Xun X;Kitzman JO;Turner EH;Stackhouse B;MacKenzie AP;Caruccio NC;Zhang X;Shendure J
通讯作者：
Shendure J