Elucidating functions of DP1 and DP2 subunits from the Thermococcus kodakarensis family D DNA polymerase
Elucidating functions of DP1 and DP2 subunits from the Thermococcus kodakarensis family D DNA polymerase
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阐明柯达热球菌 D 家族 DNA 聚合酶 DP1 和 DP2 亚基的功能
DOI：
10.1007/s00792-018-1070-3
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Ishino Yoshizumi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Takashima Natsuki;Ishino Sonoko;Oki Keisuke;Takafuji Mika;Yamagami Takeshi;Matsuo Ryotaro;Mayanagi Kouta;Ishino Yoshizumi
DNA聚合酶D（PolD）最初发现于激烈火球菌（Pyrococcus furiosus），与其它DNA聚合酶家族没有序列同源性。编码PolD的基因存在于除泉古菌门以外的大多数古菌中。PolD由两种蛋白质组成：DP 1和DP 2。迄今为止，PolD异聚复合物的3D结构尚未确定。本研究建立了一种高纯度的Kodakarensis PolD的制备方法，纯化的DP 1和DP 2蛋白在溶液中形成稳定的复合物。在DP 1的N-末端区域确定了一个固有的无序区域，但静态光散射分析提供了合理的DP 1分子量。此外，PolD形成为DP 1和DP 2以1：1比率的复合物。电子显微镜单粒子分析支持这种组合物的PolD。这两种蛋白质在DNA合成活性和3′-5′降解活性中起重要作用。DP 1对DNA的亲和力极低，而DP 2主要负责DNA结合。我们的工作将提供洞察力和手段，以进一步了解PolD结构和这种古细菌特异性DNA聚合酶的分子机制。
DNA polymerase D (PolD), originally discovered inPyrococcus furiosus,has no sequence homology with any other DNA polymerase family. Genes encoding PolD are found in most of archaea, except for those archaea in the Crenarchaeota phylum. PolD is composed of two proteins: DP1 and DP2. To date, the 3D structure of the PolD heteromeric complex is yet to be determined. In this study, we established a method that prepared highly purified PolD fromThermococcus kodakarensis, and purified DP1 and DP2 proteins formed a stable complex in solution. An intrinsically disordered region was identified in the N-terminal region of DP1, but the static light scattering analysis provided a reasonable molecular weight of DP1. In addition, PolD forms as a complex of DP1 and DP2 in a 1:1 ratio. Electron microscope single particle analysis supported this composition of PolD. Both proteins play an important role in DNA synthesis activity and in 3′–5′ degradation activity. DP1 has extremely low affinity for DNA, while DP2 is mainly responsible for DNA binding. Our work will provide insight and the means to further understand PolD structure and the molecular mechanism of this archaea-specific DNA polymerase.
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DOI：
10.1074/jbc.m115.662841
发表时间：
2015-09-04
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Schermerhorn KM;Gardner AF
通讯作者：
Gardner AF
来自超嗜热古菌激烈火球菌的非 α 样 DNA 聚合酶
DOI：
--
发表时间：
1995
期刊：
影响因子：
--
作者：
M. Imamura;T. Uemori;I. Kato;Y. Ishino
通讯作者：
Y. Ishino
本质无序蛋白质结构分析中的尺寸排阻色谱法。
影响因子：
--
作者：
V. Uversky
通讯作者：
V. Uversky
DOI：
10.1073/pnas.95.24.14250
发表时间：
1998-11-24
影响因子：
11.1
作者：
Cann, IKO;Komori, K;Ishino, Y
通讯作者：
Ishino, Y
影响因子：
3.5
作者：
Matsui, Ikuo;Urushibata, Yuji;Yokoyama, Hideshi
通讯作者：
Yokoyama, Hideshi