The architecture of eukaryotic translation.
The architecture of eukaryotic translation.
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DOI：
10.1093/nar/gks825
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发表时间：
2012-11-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
von der Haar T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chu D;von der Haar T
面包酵母中的翻译涉及200 000个核糖体、3 000 000个tRNA和15 000至60 000个mRNA之间的协调相互作用。目前尚不清楚这种特定的组分组合是否与酵母蛋白质组的要求特别相关，或者这是否只是一个冷冻事故。我们的研究使用了酵母全基因组翻译装置的计算机模拟模型，定量探索哪些mRNA，核糖体和tRNA的组合可以产生可行的蛋白质组。令人惊讶的是，我们发现，如果我们只考虑总的翻译活性随着时间的推移，而不考虑蛋白质组的组成，那么有许多和广泛不同的组合，可以产生等效的合成产率。相反，产生特定蛋白质组所需的翻译活性只能在更受约束的参数空间内实现。此外，我们发现，强核糖体限制制度是最佳的细胞，因为它们是资源有效的，简化了系统的动力学。
Translation in baker’s yeast involves the coordinated interaction of 200 000 ribosomes, 3 000 000 tRNAs and between 15 000 and 60 000 mRNAs. It is currently unknown whether this specific constellation of components has particular relevance for the requirements of the yeast proteome, or whether this is simply a frozen accident. Our study uses a computational simulation model of the genome-wide translational apparatus of yeast to explore quantitatively which combinations of mRNAs, ribosomes and tRNAs can produce viable proteomes. Surprisingly, we find that if we only consider total translational activity over time without regard to composition of the proteome, then there are many and widely differing combinations that can generate equivalent synthesis yields. In contrast, translational activity required for generating specific proteomes can only be achieved within a much more constrained parameter space. Furthermore, we find that strongly ribosome limited regimes are optimal for cells in that they are resource efficient and simplify the dynamics of the system.
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影响因子：
11.4
作者：
Ikeuchi, Yoshiho;Kitahara, Kei;Suzuki, Tsutomu
通讯作者：
Suzuki, Tsutomu
影响因子：
7.3
作者：
Ciganda, Martin;Williams, Noreen
通讯作者：
Williams, Noreen
影响因子：
64.8
作者：
Dekel, E;Alon, U
通讯作者：
Alon, U
影响因子：
3.6
作者：
Berthelot, K;Muldoon, M;McCarthy, JEG
通讯作者：
McCarthy, JEG
DOI：
10.1016/0300-9629(88)90962-0
发表时间：
1988-01-01
影响因子：
2.3
作者：
AOYAGI, Y;TASAKI, I;MURAMATSU, T
通讯作者：
MURAMATSU, T