P-MITE: a database for plant miniature inverted-repeat transposable elements.
P-MITE: a database for plant miniature inverted-repeat transposable elements.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1000
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kuang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen J;Hu Q;Zhang Y;Lu C;Kuang H
微型反向重复转座元件（Miniature inverted-repeat transposable elements，MITEs）广泛存在于包括植物在内的真核生物中。螨家族差异很大，通常不能根据同源性进行鉴定。在这项研究中，我们重新鉴定了41种植物的MITE，使用计算机程序MITE Digger，MITE Hunter和/或精确边界重复序列（RSPB）。除一种（Cyanidioschyzon merolae）外，所有物种均发现有螨。结合先前从水稻基因组中鉴定的MITE，从41种植物中获得了来自3527个MITE家族的> 230万个序列。一般来说，高等植物比低等植物含有更多的MITE，只有少数例外，如木瓜，只有538种元素。在苹果中发现的MITE数量最多，有237 302个MITE序列。基因组中MITE序列的数量与基因组大小显著相关。构建了一系列数据库（plant MITE databases，P-MITE），可在http：//pmite.hzau.edu.cn/django/mite/在线获得，以宿主来自41个植物基因组的所有MITE序列。该数据库可用于序列相似性搜索（BLACKS），并且MITE序列可按家族或按基因组下载。该数据库可用于研究MITE的起源和扩增、MITE衍生的小RNA以及MITE在基因和基因组进化中的作用。
Miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) are prevalent in eukaryotic species including plants. MITE families vary dramatically and usually cannot be identified based on homology. In this study, we de novo identified MITEs from 41 plant species, using computer programs MITE Digger, MITE-Hunter and/or Repetitive Sequence with Precise Boundaries (RSPB). MITEs were found in all, but one (Cyanidioschyzon merolae), species. Combined with the MITEs identified previously from the rice genome, >2.3 million sequences from 3527 MITE families were obtained from 41 plant species. In general, higher plants contain more MITEs than lower plants, with a few exceptions such as papaya, with only 538 elements. The largest number of MITEs is found in apple, with 237 302 MITE sequences. The number of MITE sequences in a genome is significantly correlated with genome size. A series of databases (plant MITE databases, P-MITE), available online at http://pmite.hzau.edu.cn/django/mite/, was constructed to host all MITE sequences from the 41 plant genomes. The databases are available for sequence similarity searches (BLASTN), and MITE sequences can be downloaded by family or by genome. The databases can be used to study the origin and amplification of MITEs, MITE-derived small RNAs and roles of MITEs on gene and genome evolution.
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